公開鍵は複数個登録することができますが、あまりたくさん登録しすぎると、
過去に登録した公開鍵でloginできなくなるという問題があります。
(合計で4096文字を超える場合:RSAキーで12個くらい)
不要になった鍵や、過去に登録して使わない鍵は削除することをお勧めします。
削除は管理者しかできませんので、comproom_AT_yukawa.kyoto-u.ac.jp  にご連絡ください。

また、どうしても複数個の公開鍵を登録しておく必要がある場合、公開鍵の暗号をRSAではなく、
ed25519 方式で作成するとよいです。ed25519鍵は強度は保ったまま、かなり短い公開鍵となりますので。

too many public keys cause login failure problem occasionaly.
(Limit is 4096 characters which is about 12 RSA keys).
It is recommended that deleting unnecessary keys. 
Only system administrator can delete keys, please send an email to
comproom_AT_yukawa.kyoto-u.ac.jp if you want.

If you need to register many public keys, please try use ed25519 keys instead of
RSA keys. ed25519 key is strong enough and short.