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--- 自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/02 16:45]
koudai [サンプルプログラム]
+++ 自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/02 17:59]
koudai [ノード内並列計算]
@@ Line 9: / Line 9: @@
 ====== 準備 ======
+===== ハードウェアの確認 =====
 事前に各ノードのCPUのコア数（物理コア数）とスレッド数（論理コア数）を確認してください
@@ Line 23: / Line 25: @@
+===== SSHの導入 =====
+管理ノードと計算ノードの間の通信はSSHで行います。
+  * 現状のままだと管理ノードから計算ノードへ入る際にパスワードの入力が必要ですが、ジョブ投入のたびにパスワードを入力するのは現実的ではありません。
+  * そこでパスフレーズなしのSSH鍵を作成することで、パスワードの入力を回避します
+  - 管理ノードのジョブを投げるユーザーのアカウント（以下ではsugimotoとします）にログインし、SSH鍵を作成します。パスフレーズを聞かれるところでは、**なにも入力せずに**エンターを押します<code>
+$ ssh-keygen -t rsa
+Generating public/private rsa key pair.
+Enter file in which to save the key (/home/sugimoto/.ssh/id_rsa):
+Created directory '/home/sugimoto/.ssh'.
+Enter passphrase (empty for no passphrase):
+Enter same passphrase again:
+Your identification has been saved in /home/sugimoto/.ssh/id_rsa.
+Your public key has been saved in /home/sugimoto/.ssh/id_rsa.pub.
+The key fingerprint is:
+SHA256:ZLnV/uJ8+lml7EdU+j8sjGJdxqF6F+tyg8FrD2hP3hI sugimoto@kanri
+The key's randomart image is:
++---[RSA 2048]----+
+|                 |
+|         . .    .|
+|        + . .  ..|
+|       o o . .. .|
+|        S . + .o.|
+|          .E B .+|
+|         ooo@ B.o|
+|        .++%oX.=o|
+|        . +o@B*..|
++----[SHA256]-----+
+</code>
+  - 公開鍵を設置します<code>
+$ cat ~/.ssh/id_rsa.pub >> ~/.ssh/authorized_keys
+</code>
+    * NFSサーバを設置しているので、管理ノードにおいてある鍵は計算ノードでも見えます
+  - 初回接続時に表示されるメッセージを抑制させます<code>
+$ echo "StrictHostKeyChecking no" >> ~/.ssh/config
+</code>
+  - 権限を変更します<code>
+$ chmod 600 ~/.ssh/id_rsa
+$ chmod 600 ~/.ssh/authorized_keys
+$ chmod 700 ~/.ssh/
+</code>
+  - 実際にパスワード無しで計算ノードにログインできるか確かめます<code>
+$ ssh keisan11
+</code>
 ====== 並列計算 ======
@@ Line 48: / Line 95: @@
     MPI_Get_processor_name( name, &len );
     name[len] = '\0';
     printf( "Hello World! I am %d of %d from %s.\n", rank, size, name );
-    MPI_Finalize();
+    MPI_Finalize();
     return 0;
 }
@@ Line 67: / Line 115: @@
 </code>
+===== ノード内並列計算 =====
+指定した計算ノードにジョブを投げてみます。
+  * MPIで指定のホストに投げる場合は、オプション<nowiki>--host</nowiki>でホスト名を指定します
+  * 計算ノードのkeisan11にジョブを投げる場合は次のようにします<code>
+$ mpirun -n 24 --host keisan11 hello
+Hello World! I am 0 of 24 from keisan11.
+Hello World! I am 1 of 24 from keisan11.
+Hello World! I am 2 of 24 from keisan11.
+Hello World! I am 3 of 24 from keisan11.
+（以下略）
+</code>
+===== ノード間並列計算 =====
+複数の計算ノードにわたるジョブを投げてみます。
+  * オプション<nowiki>--host</nowiki>で複数のホスト名を指定します
+  * 計算ノードkeisan11とkeisan12にジョブを投げる場合は次のようにします<code>
+$ mpirun -n 4 --host keisan11,keisan12 hello
+Hello World! I am 0 of 4 from keisan11.
+Hello World! I am 1 of 4 from keisan11.
+Hello World! I am 2 of 4 from keisan12.
+Hello World! I am 3 of 4 from keisan12.
+</code>
+    * MPIがプロセス数に応じて各ノードにスレッドを割り振ります
 ====== 参考 ======

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