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自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/02 17:27] koudai [準備] |
自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/02 18:08] koudai [ノード間並列計算] |
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Line 67: | Line 67: | ||
$ chmod 700 ~/.ssh/ | $ chmod 700 ~/.ssh/ | ||
</ | </ | ||
- | - 実際に計算ノードにログインできるか確かめます< | + | - 実際にパスワード無しで計算ノードにログインできるか確かめます< |
$ ssh keisan11 | $ ssh keisan11 | ||
</ | </ | ||
+ | |||
====== 並列計算 ====== | ====== 並列計算 ====== | ||
Line 106: | Line 107: | ||
$ mpiicc -o hello hello.c | $ mpiicc -o hello hello.c | ||
</ | </ | ||
- | * 管理ノード(4スレッド)で走らせてみます< | + | * 試しに管理ノードで走らせてみます< |
$ mpirun -n 4 hello | $ mpirun -n 4 hello | ||
Hello World! I am 0 of 4 from kanri. | Hello World! I am 0 of 4 from kanri. | ||
Line 114: | Line 115: | ||
</ | </ | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===== ノード内並列計算 ===== | ||
+ | |||
+ | 指定した計算ノードにジョブを投げてみます。 | ||
+ | |||
+ | * MPIで指定のホストに投げる場合は、オプション< | ||
+ | * 計算ノードのkeisan11にジョブを投げる場合は次のようにします< | ||
+ | $ mpirun -n 24 --host keisan11 hello | ||
+ | Hello World! I am 0 of 24 from keisan11. | ||
+ | Hello World! I am 1 of 24 from keisan11. | ||
+ | Hello World! I am 2 of 24 from keisan11. | ||
+ | Hello World! I am 3 of 24 from keisan11. | ||
+ | (以下略) | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===== ノード間並列計算 ===== | ||
+ | |||
+ | 複数の計算ノードにわたるジョブを投げてみます。 | ||
+ | |||
+ | * オプション< | ||
+ | * 計算ノードkeisan11とkeisan12にジョブを投げる場合は次のようにします< | ||
+ | $ mpirun -n 4 --host keisan11, | ||
+ | Hello World! I am 0 of 4 from keisan11. | ||
+ | Hello World! I am 1 of 4 from keisan11. | ||
+ | Hello World! I am 2 of 4 from keisan12. | ||
+ | Hello World! I am 3 of 4 from keisan12. | ||
+ | </ | ||
+ | * MPIが各ノードに均等にプロセスを割り振ります | ||
+ | * 並列計算におけるスレッド間の通信を考えたとき、ノード間の通信はノード内の通信に比べて非常に遅いです。できるだけ通信をしないようなプログラムが要求されます。 | ||
====== 参考 ====== | ====== 参考 ====== |