自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算
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自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/02 17:29] koudai [SSHの導入] |
自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/02 18:11] koudai [概要] |
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| Line 2: | Line 2: | ||
| * 実際にMPIを用いたノード内およびノード間の並列計算を行います | * 実際にMPIを用いたノード内およびノード間の並列計算を行います | ||
| - | * 事前にOpenMPIやMPICH2などのMPIライブラリを管理ノードにインストールしてください | + | * 事前にOpenMPI, MPICH2, Intel MPIなどのMPIライブラリを管理ノードにインストールしてください |
| * 例えばOpenMPIであれば次のようにインストールできます< | * 例えばOpenMPIであれば次のようにインストールできます< | ||
| $ sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev | $ sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev | ||
| </ | </ | ||
| + | * **同じコンピュータに複数のMPIを入れると競合を起こしてMPIが動かなくなることがあります** | ||
| ====== 準備 ====== | ====== 準備 ====== | ||
| Line 70: | Line 70: | ||
| $ ssh keisan11 | $ ssh keisan11 | ||
| </ | </ | ||
| + | |||
| ====== 並列計算 ====== | ====== 並列計算 ====== | ||
| Line 106: | Line 107: | ||
| $ mpiicc -o hello hello.c | $ mpiicc -o hello hello.c | ||
| </ | </ | ||
| - | * 管理ノード（4スレッド）で走らせてみます< | + | * 試しに管理ノードで走らせてみます< |
| $ mpirun -n 4 hello | $ mpirun -n 4 hello | ||
| Hello World! I am 0 of 4 from kanri. | Hello World! I am 0 of 4 from kanri. | ||
| Line 114: | Line 115: | ||
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| + | |||
| + | ===== ノード内並列計算 ===== | ||
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| + | 指定した計算ノードにジョブを投げてみます。 | ||
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| + | * MPIで指定のホストに投げる場合は、オプション< | ||
| + | * 計算ノードのkeisan11にジョブを投げる場合は次のようにします< | ||
| + | $ mpirun -n 24 --host keisan11 hello | ||
| + | Hello World! I am 0 of 24 from keisan11. | ||
| + | Hello World! I am 1 of 24 from keisan11. | ||
| + | Hello World! I am 2 of 24 from keisan11. | ||
| + | Hello World! I am 3 of 24 from keisan11. | ||
| + | （以下略） | ||
| + | </ | ||
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| + | |||
| + | ===== ノード間並列計算 ===== | ||
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| + | 複数の計算ノードにわたるジョブを投げてみます。 | ||
| + | |||
| + | * オプション< | ||
| + | * 計算ノードkeisan11とkeisan12にジョブを投げる場合は次のようにします< | ||
| + | $ mpirun -n 4 --host keisan11, | ||
| + | Hello World! I am 0 of 4 from keisan11. | ||
| + | Hello World! I am 1 of 4 from keisan11. | ||
| + | Hello World! I am 2 of 4 from keisan12. | ||
| + | Hello World! I am 3 of 4 from keisan12. | ||
| + | </ | ||
| + | * MPIが各ノードに均等にプロセスを割り振ります | ||
| + | * 並列計算におけるスレッド間の通信を考えたとき、ノード間の通信はノード内の通信に比べて非常に遅いです。できるだけ通信をしないようなプログラムが要求されます。 | ||
| ====== 参考 ====== | ====== 参考 ====== | ||
自作クラスタ計算機/mpiによる並列計算.txt · Last modified: 2023/12/26 23:43 by koudai
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