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--- 自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/02 17:29]
koudai [SSHの導入]
+++ 自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/02 21:39]
koudai [ノード内並列計算]
@@ Line 2: / Line 2: @@
   * 実際にMPIを用いたノード内およびノード間の並列計算を行います
-  * 事前にOpenMPIやMPICH2などのMPIライブラリを管理ノードにインストールしてください
+  * 事前にOpenMPI, MPICH2, Intel MPIなどのMPIライブラリを管理ノードにインストールしてください
-  * 例えばOpenMPIであれば次のようにインストールできます<code>
+  * OpenMPIの場合、次のようにaptで簡単にインストールできるので、特にこだわりがなければお勧めです<code>
 $ sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev
 </code>
+  * **複数のMPIを一つのコンピュータに入れると、競合を起こしてMPIが動かなくなります**
 ====== 準備 ======
@@ Line 70: / Line 70: @@
 $ ssh keisan11
 </code>
 ====== 並列計算 ======
@@ Line 106: / Line 107: @@
 $ mpiicc -o hello hello.c   # Intel MPIを使用する場合
 </code>
-  * 管理ノード（4スレッド）で走らせてみます<code>
+  * 試しに管理ノードで走らせてみます<code>
-$ mpirun -n 4 hello
+$ mpirun -n 4 ./hello
 Hello World! I am 0 of 4 from kanri.
 Hello World! I am 1 of 4 from kanri.
@@ Line 114: / Line 115: @@
 </code>
+===== ノード内並列計算 =====
+指定した計算ノードにジョブを投げてみます。
+  * MPIで指定のホストに投げる場合は、オプション<nowiki>--host</nowiki>でホスト名を指定します
+  * 計算ノードのkeisan11にジョブを投げる場合は次のようにします<code>
+$ mpirun -n 24 --host keisan11 ./hello
+Hello World! I am 0 of 24 from keisan11.
+Hello World! I am 1 of 24 from keisan11.
+Hello World! I am 2 of 24 from keisan11.
+Hello World! I am 3 of 24 from keisan11.
+（以下略）
+</code>
+===== ノード間並列計算 =====
+==== 通常の使い方 ====
+複数の計算ノードにわたるジョブを投げてみます。
+  * オプション<nowiki>--host</nowiki>で複数のホスト名を指定します
+  * 計算ノードkeisan11, keisan12, keisan13にジョブを投げる場合は次のようにします<code>
+$ mpirun -n 72 --host keisan11,keisan12,keisan13 hello
+Hello World! I am 0 of 72 from keisan11.
+Hello World! I am 1 of 72 from keisan12.
+Hello World! I am 2 of 72 from keisan13.
+Hello World! I am 3 of 72 from keisan11.
+Hello World! I am 4 of 72 from keisan12.
+Hello World! I am 5 of 72 from keisan13.
+（以下略）
+</code>
+    * プロセスは keisan11 -> keisan12 -> keisan13 -> keisan11 -> ... の順に割り振られて行きます
+==== ホストファイルによるジョブの投入 ====
+例えば計算ノードによって性能に差がある場合など、ノードごとのプロセス数を自分で管理したい場合はホストファイルを作成します。
+  * MPICH, Intel MPIの場合
+<file - my_hosts>
+keisan11:2
+keisan12:3
+</file>
+  * OpenMPIの場合
+<file - my_hosts>
+keisan11 slots=2
+keisan12 slots=3
+</file>
+次のように実行します
+<code>
+$ mpirun -n 6 --hostfile my_hosts hello
+Hello World! I am 0 of 6 from keisan11.
+Hello World! I am 1 of 6 from keisan11.
+Hello World! I am 2 of 6 from keisan12.
+Hello World! I am 3 of 6 from keisan12.
+Hello World! I am 4 of 6 from keisan12.
+Hello World! I am 5 of 6 from keisan11.
+</code>
+    * プロセスは keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> ... の順に割り振られて行きます
 ====== 参考 ======

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