自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算
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自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/02 17:35] koudai |
自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/02 18:43] koudai [ホストファイルによるジョブの投入] |
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| Line 2: | Line 2: | ||
| * 実際にMPIを用いたノード内およびノード間の並列計算を行います | * 実際にMPIを用いたノード内およびノード間の並列計算を行います | ||
| - | * 事前にOpenMPIやMPICH2などのMPIライブラリを管理ノードにインストールしてください | + | * 事前にOpenMPI, MPICH2, Intel MPIなどのMPIライブラリを管理ノードにインストールしてください |
| * 例えばOpenMPIであれば次のようにインストールできます< | * 例えばOpenMPIであれば次のようにインストールできます< | ||
| $ sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev | $ sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev | ||
| </ | </ | ||
| + | * **同じコンピュータに複数のMPIを入れると競合を起こしてMPIが動かなくなることがあります** | ||
| ====== 準備 ====== | ====== 準備 ====== | ||
| Line 107: | Line 107: | ||
| $ mpiicc -o hello hello.c | $ mpiicc -o hello hello.c | ||
| </ | </ | ||
| - | * 管理ノード（4スレッド）で走らせてみます< | + | * 試しに管理ノードで走らせてみます< |
| $ mpirun -n 4 hello | $ mpirun -n 4 hello | ||
| Hello World! I am 0 of 4 from kanri. | Hello World! I am 0 of 4 from kanri. | ||
| Line 117: | Line 117: | ||
| - | ===== ノード内並列 ===== | + | ===== ノード内並列計算 |
| 指定した計算ノードにジョブを投げてみます。 | 指定した計算ノードにジョブを投げてみます。 | ||
| - | * MPIで指定のホストに投げる場合は、mpirunコマンドの最後にホスト名を入力します | + | * MPIで指定のホストに投げる場合は、オプション< |
| - | * 計算ノードkeisan11にジョブを投げる場合は次のようにします< | + | * 計算ノードのkeisan11にジョブを投げる場合は次のようにします< |
| - | $ mpirun -n 24 hello keisan11 | + | $ mpirun -n 24 --host |
| Hello World! I am 0 of 24 from keisan11. | Hello World! I am 0 of 24 from keisan11. | ||
| Hello World! I am 1 of 24 from keisan11. | Hello World! I am 1 of 24 from keisan11. | ||
| Line 130: | Line 130: | ||
| （以下略） | （以下略） | ||
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| + | |||
| + | ===== ノード間並列計算 ===== | ||
| + | |||
| + | ==== 通常の使い方 ==== | ||
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| + | 複数の計算ノードにわたるジョブを投げてみます。 | ||
| + | |||
| + | * オプション< | ||
| + | * 計算ノードkeisan11, | ||
| + | $ mpirun -n 72 --host keisan11, | ||
| + | Hello World! I am 0 of 72 from keisan11. | ||
| + | Hello World! I am 1 of 72 from keisan12. | ||
| + | Hello World! I am 2 of 72 from keisan13. | ||
| + | Hello World! I am 3 of 72 from keisan11. | ||
| + | Hello World! I am 4 of 72 from keisan12. | ||
| + | Hello World! I am 5 of 72 from keisan13. | ||
| + | （以下略） | ||
| + | </ | ||
| + | * MPIが各ノードにプロセスを割り振ります | ||
| + | * プロセスは keisan11 -> keisan12 -> keisan13 -> keisan11 -> ... の順に割り振られて行きます | ||
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| + | ==== ホストファイルによるジョブの投入 ==== | ||
| + | |||
| + | 例えばノードごとに性能差がある場合など、ノードごとのプロセス数を自分で管理したい場合はホストファイルを作成します。 | ||
| + | 例えばkeisan11に2スレッド、keisan12に3スレッド割り振りたい場合は次のファイルを用意します。 | ||
| + | |||
| + | * MPICH, Intel MPIの場合 | ||
| + | <file - my_hosts> | ||
| + | keisan11:2 | ||
| + | keisan12:3 | ||
| + | </ | ||
| + | * OpenMPIの場合 | ||
| + | <file - my_hosts> | ||
| + | keisan11 slots=2 | ||
| + | keisan12 slots=3 | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | 次のように実行します | ||
| + | < | ||
| + | $ mpirun -n 6 --hostfile my_hosts hello | ||
| + | Hello World! I am 0 of 6 from keisan11. | ||
| + | Hello World! I am 1 of 6 from keisan11. | ||
| + | Hello World! I am 2 of 6 from keisan12. | ||
| + | Hello World! I am 3 of 6 from keisan12. | ||
| + | Hello World! I am 4 of 6 from keisan12. | ||
| + | Hello World! I am 5 of 6 from keisan11. | ||
| + | </ | ||
| + | * プロセスは keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> ... の順に割り振られて行きます | ||
| ====== 参考 ====== | ====== 参考 ====== | ||
自作クラスタ計算機/mpiによる並列計算.txt · Last modified: 2023/12/26 23:43 by koudai
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