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自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/02 18:47] koudai [通常の使い方] |
自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/02 21:39] koudai [ノード内並列計算] |
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Line 3: | Line 3: | ||
* 実際にMPIを用いたノード内およびノード間の並列計算を行います | * 実際にMPIを用いたノード内およびノード間の並列計算を行います | ||
* 事前にOpenMPI, | * 事前にOpenMPI, | ||
- | * 例えばOpenMPIであれば次のようにインストールできます< | + | * OpenMPIの場合、次のようにaptで簡単にインストールできるので、特にこだわりがなければお勧めです< |
$ sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev | $ sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev | ||
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- | * **同じコンピュータに複数のMPIを入れると競合を起こしてMPIが動かなくなることがあります** | + | * **複数のMPIを一つのコンピュータに入れると、競合を起こしてMPIが動かなくなります** |
====== 準備 ====== | ====== 準備 ====== | ||
Line 108: | Line 108: | ||
</ | </ | ||
* 試しに管理ノードで走らせてみます< | * 試しに管理ノードで走らせてみます< | ||
- | $ mpirun -n 4 hello | + | $ mpirun -n 4 ./hello |
Hello World! I am 0 of 4 from kanri. | Hello World! I am 0 of 4 from kanri. | ||
Hello World! I am 1 of 4 from kanri. | Hello World! I am 1 of 4 from kanri. | ||
Line 123: | Line 123: | ||
* MPIで指定のホストに投げる場合は、オプション< | * MPIで指定のホストに投げる場合は、オプション< | ||
* 計算ノードのkeisan11にジョブを投げる場合は次のようにします< | * 計算ノードのkeisan11にジョブを投げる場合は次のようにします< | ||
- | $ mpirun -n 24 --host keisan11 hello | + | $ mpirun -n 24 --host keisan11 |
Hello World! I am 0 of 24 from keisan11. | Hello World! I am 0 of 24 from keisan11. | ||
Hello World! I am 1 of 24 from keisan11. | Hello World! I am 1 of 24 from keisan11. | ||
Line 154: | Line 154: | ||
==== ホストファイルによるジョブの投入 ==== | ==== ホストファイルによるジョブの投入 ==== | ||
- | 例えばノードごとに性能差がある場合など、ノードごとのプロセス数を自分で管理したい場合はホストファイルを作成します。 | + | 例えば計算ノードによって性能に差がある場合など、ノードごとのプロセス数を自分で管理したい場合はホストファイルを作成します。 |
- | 例えばkeisan11に2スレッド、keisan12に3スレッド割り振りたい場合は次のファイルを用意します。 | + | |
* MPICH, Intel MPIの場合 | * MPICH, Intel MPIの場合 |