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自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/02 21:39] koudai [ノード内並列計算] |
自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/03 16:47] koudai [ホストファイルによるジョブの投入] |
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Line 3: | Line 3: | ||
* 実際にMPIを用いたノード内およびノード間の並列計算を行います | * 実際にMPIを用いたノード内およびノード間の並列計算を行います | ||
* 事前にOpenMPI, | * 事前にOpenMPI, | ||
- | * OpenMPIの場合、次のようにaptで簡単にインストールできるので、特にこだわりがなければお勧めです< | + | * Ubuntuではaptを使えばOpenMPIを簡単にインストールできるので、特にこだわりがなければお勧めです< |
$ sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev | $ sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev | ||
</ | </ | ||
Line 31: | Line 31: | ||
* そこでパスフレーズなしのSSH鍵を作成することで、パスワードの入力を回避します | * そこでパスフレーズなしのSSH鍵を作成することで、パスワードの入力を回避します | ||
- | - 管理ノードのジョブを投げるユーザーのアカウント(以下ではsugimotoとします)にログインし、SSH鍵を作成します。パスフレーズを聞かれるところでは、**なにも入力せずに**エンターを押します< | + | - 管理ノードのジョブを投げるユーザーのアカウント(以下ではsugimotoとします)にログインし、SSH鍵を作成します。パスフレーズを聞かれるところでは**なにも入力せずに**エンターを押します< |
$ ssh-keygen -t rsa | $ ssh-keygen -t rsa | ||
Generating public/ | Generating public/ | ||
Line 96: | Line 96: | ||
name[len] = ' | name[len] = ' | ||
| | ||
- | printf( " | + | printf( " |
MPI_Finalize(); | MPI_Finalize(); | ||
Line 109: | Line 109: | ||
* 試しに管理ノードで走らせてみます< | * 試しに管理ノードで走らせてみます< | ||
$ mpirun -n 4 ./hello | $ mpirun -n 4 ./hello | ||
- | Hello World! I am 0 of 4 from kanri. | + | Hello world: rank 0 of 4 running on kanri |
- | Hello World! I am 1 of 4 from kanri. | + | Hello world: rank 1 of 4 running on kanri |
- | Hello World! I am 2 of 4 from kanri. | + | Hello world: rank 2 of 4 running on kanri |
- | Hello World! I am 3 of 4 from kanri. | + | Hello world: rank 3 of 4 running on kanri |
</ | </ | ||
Line 121: | Line 121: | ||
指定した計算ノードにジョブを投げてみます。 | 指定した計算ノードにジョブを投げてみます。 | ||
- | * MPIで指定のホストに投げる場合は、オプション< | + | * MPIで指定のホストに投げる場合は、オプション< |
* 計算ノードのkeisan11にジョブを投げる場合は次のようにします< | * 計算ノードのkeisan11にジョブを投げる場合は次のようにします< | ||
- | $ mpirun | + | $ mpirun -host keisan11 |
- | Hello World! I am 0 of 24 from keisan11. | + | Hello world: rank 0 of 8 running on keisan11 |
- | Hello World! I am 1 of 24 from keisan11. | + | Hello world: rank 1 of 8 running on keisan11 |
- | Hello World! I am 2 of 24 from keisan11. | + | Hello world: rank 2 of 8 running on keisan11 |
- | Hello World! I am 3 of 24 from keisan11. | + | Hello world: rank 3 of 8 running on keisan11 |
- | (以下略) | + | Hello world: rank 4 of 8 running on keisan11 |
+ | Hello world: rank 5 of 8 running on keisan11 | ||
+ | Hello world: rank 6 of 8 running on keisan11 | ||
+ | Hello world: rank 7 of 8 running on keisan11 | ||
</ | </ | ||
+ | * ホスト名の代わりにIPアドレスでも可能です | ||
Line 138: | Line 142: | ||
複数の計算ノードにわたるジョブを投げてみます。 | 複数の計算ノードにわたるジョブを投げてみます。 | ||
- | * オプション< | ||
* 計算ノードkeisan11, | * 計算ノードkeisan11, | ||
- | $ mpirun | + | $ mpirun -host keisan11, |
- | Hello World! I am 0 of 72 from keisan11. | + | Hello world: rank 0 of 8 running on keisan11 |
- | Hello World! I am 1 of 72 from keisan12. | + | Hello world: rank 1 of 8 running on keisan11 |
- | Hello World! I am 2 of 72 from keisan13. | + | Hello world: rank 2 of 8 running on keisan12 |
- | Hello World! I am 3 of 72 from keisan11. | + | Hello world: rank 3 of 8 running on keisan12 |
- | Hello World! I am 4 of 72 from keisan12. | + | Hello world: rank 4 of 8 running on keisan13 |
- | Hello World! I am 5 of 72 from keisan13. | + | Hello world: rank 5 of 8 running on keisan13 |
- | (以下略) | + | Hello world: rank 6 of 8 running on keisan11 |
+ | Hello world: rank 7 of 8 running on keisan11 | ||
</ | </ | ||
- | | + | * オプション-ppnでノードあたりのプロセス数を指定します |
+ | | ||
==== ホストファイルによるジョブの投入 ==== | ==== ホストファイルによるジョブの投入 ==== | ||
- | 例えば計算ノードによって性能に差がある場合など、ノードごとのプロセス数を自分で管理したい場合はホストファイルを作成します。 | + | ホスト名を毎回入力したくない、計算ノードによってプロセス数を変えたいなどの場合は、ホストファイルを作成します。 |
+ | * OpenMPIの場合 | ||
+ | <file - my_hosts> | ||
+ | keisan11 slots=2 | ||
+ | keisan12 slots=4 | ||
+ | </ | ||
* MPICH, Intel MPIの場合 | * MPICH, Intel MPIの場合 | ||
<file - my_hosts> | <file - my_hosts> | ||
keisan11:2 | keisan11:2 | ||
- | keisan12:3 | + | keisan12:4 |
- | </ | + | |
- | * OpenMPIの場合 | + | |
- | <file - my_hosts> | + | |
- | keisan11 slots=2 | + | |
- | keisan12 slots=3 | + | |
</ | </ | ||
次のように実行します | 次のように実行します | ||
< | < | ||
- | $ mpirun -n 6 --hostfile | + | $ mpirun -n 6 -f my_hosts |
- | Hello World! I am 0 of 6 from keisan11. | + | Hello world: rank 0 of 6 running on keisan11 |
- | Hello World! I am 1 of 6 from keisan11. | + | Hello world: rank 1 of 6 running on keisan11 |
- | Hello World! I am 2 of 6 from keisan12. | + | Hello world: rank 2 of 6 running on keisan12 |
- | Hello World! I am 3 of 6 from keisan12. | + | Hello world: rank 3 of 6 running on keisan12 |
- | Hello World! I am 4 of 6 from keisan12. | + | Hello world: rank 4 of 6 running on keisan12 |
- | Hello World! I am 5 of 6 from keisan11. | + | Hello world: rank 5 of 6 running on keisan12 |
</ | </ | ||
- | * プロセスは keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> ... の順に割り振られて行きます | + | * プロセスは keisan11 -> keisan11 |
+ | * Intel MPIの場合は< | ||
+ | * https:// | ||
====== 参考 ====== | ====== 参考 ====== |