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--- 自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/03 15:43]
koudai [ホストファイルによるジョブの投入]
+++ 自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/03 16:34]
koudai [概要]
@@ Line 3: / Line 3: @@
   * 実際にMPIを用いたノード内およびノード間の並列計算を行います
   * 事前にOpenMPI, MPICH2, Intel MPIなどのMPIライブラリを管理ノードにインストールしてください
-  * OpenMPIの場合、次のようにaptで簡単にインストールできるので、特にこだわりがなければお勧めです<code>
+  * Ubuntuでは、OpenMPIをaptで簡単にインストールできるので、特にこだわりがなければお勧めです<code>
 $ sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev
 </code>
@@ Line 133: / Line 133: @@
 Hello world: rank 7 of 8 running on keisan11
 </code>
+    * ホスト名の代わりにIPアドレスでも可能です
@@ Line 143: / Line 144: @@
   * オプション<nowiki>-hosts</nowiki>で複数のホスト名を指定します
   * 計算ノードkeisan11, keisan12, keisan13にジョブを投げる場合は次のようにします<code>
-$ mpirun -n 10 -hosts keisan11,keisan12,keisan13 ./hello
+$ mpirun -hosts keisan11,keisan12,keisan13 -n 8 -ppn 2 ./hello
-Hello world: rank 0 of 10 running on keisan11
+Hello world: rank 0 of 8 running on keisan11
-Hello world: rank 1 of 10 running on keisan11
+Hello world: rank 1 of 8 running on keisan11
-Hello world: rank 2 of 10 running on keisan11
+Hello world: rank 2 of 8 running on keisan12
-Hello world: rank 3 of 10 running on keisan11
+Hello world: rank 3 of 8 running on keisan12
-Hello world: rank 4 of 10 running on keisan12
+Hello world: rank 4 of 8 running on keisan13
-Hello world: rank 5 of 10 running on keisan12
+Hello world: rank 5 of 8 running on keisan13
-Hello world: rank 6 of 10 running on keisan12
+Hello world: rank 6 of 8 running on keisan11
-Hello world: rank 7 of 10 running on keisan12
+Hello world: rank 7 of 8 running on keisan11
-Hello world: rank 8 of 10 running on keisan13
-Hello world: rank 9 of 10 running on keisan13
 </code>
-  * どうやらMPIを実行したノード（今の場合は管理ノード）のコア数だけ投げたら次のノードに行く、という仕組みみたいです。（未確認）
+  * オプション-ppnでノードあたりのプロセス数を指定します
+  * プロセスは keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan13 -> keisan13 -> keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> ... の順に割り振られていきます
 ==== ホストファイルによるジョブの投入 ====
-例えば計算ノードによって性能に差がある場合など、ノードごとのプロセス数を自分で管理したい場合はホストファイルを作成します。
+ホスト名を毎回入力したくない、計算ノードによってプロセス数を変えたいなどの場合は、ホストファイルを作成します。
   * MPICH, Intel MPIの場合
@@ Line 183: / Line 183: @@
 </code>
     * プロセスは keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> ... の順に割り振られて行きます
-    * Intel MPIの場合は<nowiki>-f</nowiki>の代わりに<nowiki>-machinefile</nowiki>あるいは<nowiki>-machine</nowiki>を使用してください
+    * Intel MPIの場合は<nowiki>-f</nowiki>の代わりに<nowiki>-machinefile</nowiki>を使用してください
       * https://software.intel.com/en-us/articles/controlling-process-placement-with-the-intel-mpi-library

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