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自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/03 15:55] koudai [通常の使い方] |
自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/03 16:34] koudai [概要] |
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* 実際にMPIを用いたノード内およびノード間の並列計算を行います | * 実際にMPIを用いたノード内およびノード間の並列計算を行います | ||
* 事前にOpenMPI, | * 事前にOpenMPI, | ||
- | * OpenMPIの場合、次のようにaptで簡単にインストールできるので、特にこだわりがなければお勧めです< | + | * Ubuntuでは、OpenMPIをaptで簡単にインストールできるので、特にこだわりがなければお勧めです< |
$ sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev | $ sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev | ||
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Line 133: | Line 133: | ||
Hello world: rank 7 of 8 running on keisan11 | Hello world: rank 7 of 8 running on keisan11 | ||
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+ | * ホスト名の代わりにIPアドレスでも可能です | ||
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Hello world: rank 7 of 8 running on keisan11 | Hello world: rank 7 of 8 running on keisan11 | ||
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- | | + | * オプション-ppnでノードあたりのプロセス数を指定します |
- | | + | |
* プロセスは keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan13 -> keisan13 -> keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> ... の順に割り振られていきます | * プロセスは keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan13 -> keisan13 -> keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> ... の順に割り振られていきます | ||
==== ホストファイルによるジョブの投入 ==== | ==== ホストファイルによるジョブの投入 ==== | ||
- | 例えば計算ノードによってコア数が異なる場合など、ノードごとのプロセス数を自分で管理したい場合はホストファイルを作成します。 | + | ホスト名を毎回入力したくない、計算ノードによってプロセス数を変えたいなどの場合は、ホストファイルを作成します。 |
* MPICH, Intel MPIの場合 | * MPICH, Intel MPIの場合 | ||
Line 183: | Line 183: | ||
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* プロセスは keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> ... の順に割り振られて行きます | * プロセスは keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> ... の順に割り振られて行きます | ||
- | * Intel MPIの場合は< | + | * Intel MPIの場合は< |
* https:// | * https:// | ||