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自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/03 16:31] koudai [ホストファイルによるジョブの投入] |
自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/03 16:38] koudai [ホストファイルによるジョブの投入] |
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Line 3: | Line 3: | ||
* 実際にMPIを用いたノード内およびノード間の並列計算を行います | * 実際にMPIを用いたノード内およびノード間の並列計算を行います | ||
* 事前にOpenMPI, | * 事前にOpenMPI, | ||
- | * OpenMPIの場合、次のようにaptで簡単にインストールできるので、特にこだわりがなければお勧めです< | + | * Ubuntuではaptを使えばOpenMPIを簡単にインストールできるので、特にこだわりがなければお勧めです< |
$ sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev | $ sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev | ||
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Line 123: | Line 123: | ||
* MPIで指定のホストに投げる場合は、オプション< | * MPIで指定のホストに投げる場合は、オプション< | ||
* 計算ノードのkeisan11にジョブを投げる場合は次のようにします< | * 計算ノードのkeisan11にジョブを投げる場合は次のようにします< | ||
- | $ mpirun | + | $ mpirun -hosts keisan11 |
Hello world: rank 0 of 8 running on keisan11 | Hello world: rank 0 of 8 running on keisan11 | ||
Hello world: rank 1 of 8 running on keisan11 | Hello world: rank 1 of 8 running on keisan11 | ||
Line 161: | Line 161: | ||
ホスト名を毎回入力したくない、計算ノードによってプロセス数を変えたいなどの場合は、ホストファイルを作成します。 | ホスト名を毎回入力したくない、計算ノードによってプロセス数を変えたいなどの場合は、ホストファイルを作成します。 | ||
- | * MPICH, Intel MPIの場合 | ||
- | <file - my_hosts> | ||
- | keisan11:2 | ||
- | keisan12:4 | ||
- | </ | ||
* OpenMPIの場合 | * OpenMPIの場合 | ||
<file - my_hosts> | <file - my_hosts> | ||
keisan11 slots=2 | keisan11 slots=2 | ||
keisan12 slots=4 | keisan12 slots=4 | ||
+ | </ | ||
+ | * MPICH, Intel MPIの場合 | ||
+ | <file - my_hosts> | ||
+ | keisan11:2 | ||
+ | keisan12:4 | ||
</ | </ | ||