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自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/03 16:37] koudai [ノード内並列計算] |
自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/03 16:46] koudai [通常の使い方] |
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* そこでパスフレーズなしのSSH鍵を作成することで、パスワードの入力を回避します | * そこでパスフレーズなしのSSH鍵を作成することで、パスワードの入力を回避します | ||
- | - 管理ノードのジョブを投げるユーザーのアカウント(以下ではsugimotoとします)にログインし、SSH鍵を作成します。パスフレーズを聞かれるところでは、**なにも入力せずに**エンターを押します< | + | - 管理ノードのジョブを投げるユーザーのアカウント(以下ではsugimotoとします)にログインし、SSH鍵を作成します。パスフレーズを聞かれるところでは**なにも入力せずに**エンターを押します< |
$ ssh-keygen -t rsa | $ ssh-keygen -t rsa | ||
Generating public/ | Generating public/ | ||
Line 121: | Line 121: | ||
指定した計算ノードにジョブを投げてみます。 | 指定した計算ノードにジョブを投げてみます。 | ||
- | * MPIで指定のホストに投げる場合は、オプション< | + | * MPIで指定のホストに投げる場合は、オプション< |
* 計算ノードのkeisan11にジョブを投げる場合は次のようにします< | * 計算ノードのkeisan11にジョブを投げる場合は次のようにします< | ||
- | $ mpirun -hosts keisan11 -n 8 ./hello | + | $ mpirun -host keisan11 -n 8 ./hello |
Hello world: rank 0 of 8 running on keisan11 | Hello world: rank 0 of 8 running on keisan11 | ||
Hello world: rank 1 of 8 running on keisan11 | Hello world: rank 1 of 8 running on keisan11 | ||
Line 142: | Line 142: | ||
複数の計算ノードにわたるジョブを投げてみます。 | 複数の計算ノードにわたるジョブを投げてみます。 | ||
- | * オプション< | ||
* 計算ノードkeisan11, | * 計算ノードkeisan11, | ||
- | $ mpirun -hosts keisan11, | + | $ mpirun -host keisan11, |
Hello world: rank 0 of 8 running on keisan11 | Hello world: rank 0 of 8 running on keisan11 | ||
Hello world: rank 1 of 8 running on keisan11 | Hello world: rank 1 of 8 running on keisan11 | ||
Line 161: | Line 160: | ||
ホスト名を毎回入力したくない、計算ノードによってプロセス数を変えたいなどの場合は、ホストファイルを作成します。 | ホスト名を毎回入力したくない、計算ノードによってプロセス数を変えたいなどの場合は、ホストファイルを作成します。 | ||
- | * MPICH, Intel MPIの場合 | ||
- | <file - my_hosts> | ||
- | keisan11:2 | ||
- | keisan12:4 | ||
- | </ | ||
* OpenMPIの場合 | * OpenMPIの場合 | ||
<file - my_hosts> | <file - my_hosts> | ||
keisan11 slots=2 | keisan11 slots=2 | ||
keisan12 slots=4 | keisan12 slots=4 | ||
+ | </ | ||
+ | * MPICH, Intel MPIの場合 | ||
+ | <file - my_hosts> | ||
+ | keisan11:2 | ||
+ | keisan12:4 | ||
</ | </ | ||