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--- 自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/03 16:40]
koudai [SSHの導入]
+++ 自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/09 13:54]
koudai [概要]
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   * 実際にMPIを用いたノード内およびノード間の並列計算を行います
   * 事前にOpenMPI, MPICH2, Intel MPIなどのMPIライブラリを管理ノードにインストールしてください
-  * Ubuntuではaptを使えばOpenMPIを簡単にインストールできるので、特にこだわりがなければお勧めです<code>
-$ sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev
-</code>
-  * **複数のMPIを一つのコンピュータに入れると、競合を起こしてMPIが動かなくなります**
 ====== 準備 ======
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 作業は全て管理ノードで行います
-  * 生成したプログラムは管理ノードのNFSサーバの機能により全ノードに配布されます
+  * mpirunを実行するノード（管理ノード）とプログラムを動かすノード（計算ノード）が異なる場合は、mpirunを実行したノードと同じ名前のディレクトリに移動してプログラムを動かす仕組みになっています
+  * 今回生成したクラスタマシンでは、NFSサーバの機能により、管理ノードにあるプログラムが全ノードに配布されます
@@ Line 81: / Line 79: @@
 次のコードを使って説明します
-<file - hello.c>
+<file c hello.c>
 #include <stdio.h>
 #include "mpi.h"
@@ Line 142: / Line 140: @@
 複数の計算ノードにわたるジョブを投げてみます。
-  * オプション<nowiki>-hosts</nowiki>で複数のホスト名を指定します
   * 計算ノードkeisan11, keisan12, keisan13にジョブを投げる場合は次のようにします<code>
 $ mpirun -hosts keisan11,keisan12,keisan13 -n 8 -ppn 2 ./hello
@@ Line 162: / Line 159: @@
   * OpenMPIの場合
-<file - my_hosts>
+<file - hosts.txt>
 keisan11 slots=2
 keisan12 slots=4
 </file>
   * MPICH, Intel MPIの場合
-<file - my_hosts>
+<file - hosts.txt>
 keisan11:2
 keisan12:4
@@ Line 174: / Line 171: @@
 次のように実行します
 <code>
-$ mpirun -n 6 -f my_hosts ./hello
+$ mpirun -n 6 -f hosts.txt ./hello
 Hello world: rank 0 of 6 running on keisan11
 Hello world: rank 1 of 6 running on keisan11

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