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自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/03 16:46] koudai [ノード内並列計算] |
自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/03 16:58] koudai [並列計算] |
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Line 74: | Line 74: | ||
作業は全て管理ノードで行います | 作業は全て管理ノードで行います | ||
+ | * mpirunでプログラムを動かすノードを指定した場合は、そのノード内のmpirunを実行したノードと同じ名前のディレクトリでプログラムも動かす仕組みになっています | ||
* 生成したプログラムは管理ノードのNFSサーバの機能により全ノードに配布されます | * 生成したプログラムは管理ノードのNFSサーバの機能により全ノードに配布されます | ||
+ | |||
Line 142: | Line 144: | ||
複数の計算ノードにわたるジョブを投げてみます。 | 複数の計算ノードにわたるジョブを投げてみます。 | ||
- | * オプション< | ||
* 計算ノードkeisan11, | * 計算ノードkeisan11, | ||
- | $ mpirun -hosts keisan11, | + | $ mpirun -host keisan11, |
Hello world: rank 0 of 8 running on keisan11 | Hello world: rank 0 of 8 running on keisan11 | ||
Hello world: rank 1 of 8 running on keisan11 | Hello world: rank 1 of 8 running on keisan11 | ||
Line 162: | Line 163: | ||
* OpenMPIの場合 | * OpenMPIの場合 | ||
- | <file - my_hosts> | + | <file - hosts.txt> |
keisan11 slots=2 | keisan11 slots=2 | ||
keisan12 slots=4 | keisan12 slots=4 | ||
</ | </ | ||
* MPICH, Intel MPIの場合 | * MPICH, Intel MPIの場合 | ||
- | <file - my_hosts> | + | <file - hosts.txt> |
keisan11:2 | keisan11:2 | ||
keisan12:4 | keisan12:4 | ||
Line 174: | Line 175: | ||
次のように実行します | 次のように実行します | ||
< | < | ||
- | $ mpirun -n 6 -f my_hosts | + | $ mpirun -n 6 -f hosts.txt |
Hello world: rank 0 of 6 running on keisan11 | Hello world: rank 0 of 6 running on keisan11 | ||
Hello world: rank 1 of 6 running on keisan11 | Hello world: rank 1 of 6 running on keisan11 | ||
Line 183: | Line 184: | ||
</ | </ | ||
* プロセスは keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> ... の順に割り振られて行きます | * プロセスは keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> ... の順に割り振られて行きます | ||
- | * Intel MPIの場合は< | + | * Intel MPIの場合は< |
* https:// | * https:// | ||