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自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算

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自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/03 16:46]
koudai [ノード内並列計算]
自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/03 17:04]
koudai
Line 74: Line 74:
  
 作業は全て管理ノードで行います 作業は全て管理ノードで行います
-  * 生成したプログラムは管理ノードのNFSサーバの機能により全ノードに配布されます+  * mpirunを実行するノード(管理ノード)とプログラムを動かすノード(計算ノード)が異なる場合、mpirunを実行したノードと同じ名前ディレクトリに移動してプログラムを動かす仕組みになっています 
 +  * 今回生成したクラスタマシンでは、NFSサーバの機能により、管理ノードにあるプログラムが全ノードに配布されます 
  
  
Line 121: Line 123:
 指定した計算ノードにジョブを投げてみます。 指定した計算ノードにジョブを投げてみます。
  
-  * MPIで指定のホストに投げる場合は、オプション<nowiki>-host</nowiki>でホスト名を指定します+  * MPIで指定のホストに投げる場合は、オプション<nowiki>-hosts</nowiki>でホスト名を指定します
   * 計算ノードのkeisan11にジョブを投げる場合は次のようにします<code>   * 計算ノードのkeisan11にジョブを投げる場合は次のようにします<code>
-$ mpirun -host keisan11 -n 8 ./hello+$ mpirun -hosts keisan11 -n 8 ./hello
 Hello world: rank 0 of 8 running on keisan11 Hello world: rank 0 of 8 running on keisan11
 Hello world: rank 1 of 8 running on keisan11 Hello world: rank 1 of 8 running on keisan11
Line 142: Line 144:
 複数の計算ノードにわたるジョブを投げてみます。 複数の計算ノードにわたるジョブを投げてみます。
  
-  * オプション<nowiki>-hosts</nowiki>で複数のホスト名を指定します 
   * 計算ノードkeisan11, keisan12, keisan13にジョブを投げる場合は次のようにします<code>   * 計算ノードkeisan11, keisan12, keisan13にジョブを投げる場合は次のようにします<code>
 $ mpirun -hosts keisan11,keisan12,keisan13 -n 8 -ppn 2 ./hello $ mpirun -hosts keisan11,keisan12,keisan13 -n 8 -ppn 2 ./hello
Line 162: Line 163:
  
   * OpenMPIの場合   * OpenMPIの場合
-<file - my_hosts>+<file - hosts.txt>
 keisan11 slots=2 keisan11 slots=2
 keisan12 slots=4 keisan12 slots=4
 </file> </file>
   * MPICH, Intel MPIの場合   * MPICH, Intel MPIの場合
-<file - my_hosts>+<file - hosts.txt>
 keisan11:2 keisan11:2
 keisan12:4 keisan12:4
Line 174: Line 175:
 次のように実行します 次のように実行します
 <code> <code>
-$ mpirun -n 6 -f my_hosts ./hello+$ mpirun -n 6 -f hosts.txt ./hello
 Hello world: rank 0 of 6 running on keisan11 Hello world: rank 0 of 6 running on keisan11
 Hello world: rank 1 of 6 running on keisan11 Hello world: rank 1 of 6 running on keisan11
Line 183: Line 184:
 </code> </code>
     * プロセスは keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> ... の順に割り振られて行きます     * プロセスは keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> keisan11 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan12 -> keisan11 -> ... の順に割り振られて行きます
-    * Intel MPIの場合は<nowiki>-f</nowiki>の代わりに<nowiki>-machinefile</nowiki>を使用してください+    * Intel MPIの場合は<nowiki>-f</nowiki>の代わりに<nowiki>-machine</nowiki>を使用してください
       * https://software.intel.com/en-us/articles/controlling-process-placement-with-the-intel-mpi-library        * https://software.intel.com/en-us/articles/controlling-process-placement-with-the-intel-mpi-library 
  
自作クラスタ計算機/mpiによる並列計算.txt · Last modified: 2023/12/26 23:43 by koudai