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--- 自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2020/03/06 20:32]
koudai [サンプルプログラム]
+++ 自作クラスタ計算機:mpiによる並列計算 [2023/12/26 23:04]
koudai [ハードウェアの確認]
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   * 実際にMPIを用いたノード内およびノード間の並列計算を行います
-  * 事前にOpenMPI, MPICH2, Intel MPIなどのMPIライブラリを管理ノードにインストールしてください
+  * 事前にOpenMPI, MPICH2, Intel MPIなどのMPIライブラリを管理ノードでビルドし、NFSによって計算ノードと共有してください -> [[数値計算ライブラリ:OpenMPI]]
-  * Ubuntuではaptを使えばOpenMPIを簡単にインストールできるので、特にこだわりがなければお勧めです<code>
+  * /homeディレクトリはNFSサーバによって、管理ノードと計算ノードで共有されているとします
-$ sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev
-</code>
-  * **複数のMPIを一つのコンピュータに入れると、競合を起こしてMPIが動かなくなります**
 ====== 準備 ======
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   * スレッド数<code>$ cat /proc/cpuinfo | grep "processor"</code>
     * 表示される行数が スレッド数 = CPU数 × CPUあたりのコア数 に対応します。通常は論理コア数と物理コア数は等しいですが、Hyper-Threadingが有効の場合は論理コア数が物理コア数の2倍になります。
-      * Hyper-Threadingは見かけ上のコア数が2倍になる技術であり、並列計算プログラムで並列化効率が良い場合は逆に計算速度が著しく低下します。これは1つの物理コアに2つのジョブが投入されてしまうために発生します。
+      * Hyper-Threadingは見かけ上のコア数が2倍になる技術です
-      * スレッドごとの計算の重さのバランスが著しく悪く、1つのスレッドの計算が終わっているのに別のスレッドの計算は続いている、というような場合にのみ有効です。
+      * BIOSからHyper-Threadingをオフにすることもできます
-      * よくわからない場合は、BIOSを使ってHyper-Threadingをオフにするか、MPIでのジョブ投入時に並列数を物理コア数以下にすることが望ましいです。

雑多な記録

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