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quantumespresso:フォノンの状態密度と分散 [2020/11/19 02:48] koudai [固有振動モードの可視化] |
quantumespresso:フォノンの状態密度と分散 [2020/11/20 01:21] koudai [注意] |
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Line 169: | Line 169: | ||
==== 固有振動モードの可視化 ==== | ==== 固有振動モードの可視化 ==== | ||
- | * [[https://www.materialscloud.org/work/tools/interactivephonon|Interactive phonon visualizer]]を使えば、フォノンの各エネルギーに対応する固有振動モードを可視化することができます。 | + | * [[http://henriquemiranda.github.io/phononwebsite/|Phonon website]]を使えば、フォノンの各エネルギーに対応する固有振動モードを可視化することができます。 |
- | * Si.scf.in と matdyn.modes をアップロードしてください。 | + | |
+ | ホームディレクトリに戻り、Githubから必要なソフトをダウンロードします | ||
+ | < | ||
+ | $ cd | ||
+ | $ git clone https:// | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | インストールします | ||
+ | < | ||
+ | $ cd phononwebsite-gh-pages | ||
+ | $ python setup.py install --user | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | フォノン計算の作業ディレクトリに入り、SCF計算の入力ファイルをprefix.scf、フォノン分散の計算で得られたmatdyn.modesをprefix.modesという名前にコピーします。 | ||
+ | prefixの部分はなんでも良いです。 | ||
+ | * 結晶の基本並進ベクトル CELL_PARAMETERS を指定している場合は、ボーア半径で指定してください。 | ||
+ | * 原子位置 (ATOMIC_POSITIONS) は分率座標 (crystal) で指定してください。 | ||
+ | |||
+ | そして次のコマンドを実行します。 | ||
+ | < | ||
+ | $ read_qe_phonon.py prefix | ||
+ | </ | ||
+ | すると prefix.json というファイルが得られます。 | ||
+ | |||
+ | さきほどダウンロードしたディレクトリの中にある phononwebsite-gh-pages/ | ||
+ | |||
+ | * エネルギー分散をクリックすることで、そのエネルギーに対応する固有振動モードのアニメーションを見ることができます | ||
+ | * 振動のアニメーションを保存したい場合は Export movie の [gif] をクリックすると録画が開始します。 | ||
===== 注意 ===== | ===== 注意 ===== | ||
- | 構造が不安定な系では、対応するモードのフォノンの波数が負になる。 | + | 構造が不安定な系では、対応するモードのフォノンの波数が複素数になります(出力ファイルは負の周波数で表現されます)。 |
- | もし有限温度で構造相転移があるのであれば、pw.xで計算する際に& | + | これは簡単にはフォノンのバネ定数が負になってしまう(つまり変形したほうがエネルギー的に安定)ことに対応します。 |
- | 1[Ry]=158000[K]なので、例えばdegaus=0.001とすれば158Kで構造が安定か調べることができる。 | + | |
+ | もし有限温度で構造相転移があるのであれば、pw.xで計算する際に& | ||
+ | 1[Ry]=158000[K]なので、例えばdegaus=0.001とすれば158Kで構造が安定か調べることができます。 | ||
- | (ただし、pw.x計算の際にk点の数はかなりたくさん必要になる) | + | (ただし、pw.x計算の際にk点の数はかなりたくさん必要になります) |