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wien2k:インストール_19.1

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wien2k:インストール_19.1 [2020/07/01 19:35]
koudai [コンパイル(Ubuntu18.04 + WIEN2k_19.1 + Intel Parallel Studio XE 2019)]
wien2k:インストール_19.1 [2021/04/03 21:11]
koudai [補足]
Line 1: Line 1:
-====== 条件 ======+====== 準備 ======
  
 以下のソフトを事前にインストールしてください。 以下のソフトを事前にインストールしてください。
Line 5: Line 5:
   * tcsh   * tcsh
   * XCrySDen   * XCrySDen
-  * FFTW3(MPI版) +  * MPIでコンパイルしたFFTW3 
-  Libxc+    FFTWをビルドする際に<nowiki>--enable-openmp</nowiki> のフラグをつけた場合はうまく行きませんでした
   * C/C++とFortranのコンパイラ。Intel Parallel Studio XE 推奨   * C/C++とFortranのコンパイラ。Intel Parallel Studio XE 推奨
  
Line 28: Line 28:
 $ mkdir WIEN2k_19.1 $ mkdir WIEN2k_19.1
 </code> </code>
-  * WIEN2k_19.1.tarをインストールするフォルダに入れる<code>+  * WIEN2k_19.1.tarをインストールするフォルダに入れる
   * インストールするフォルダに入って、HPの手順通りに実行するとコードが展開される<code>   * インストールするフォルダに入って、HPの手順通りに実行するとコードが展開される<code>
 $ tar -xvf WIEN2k_19.1.tar $ tar -xvf WIEN2k_19.1.tar
Line 45: Line 45:
       - [Your compiler:] cc  (Intelコンパイラは非推奨)       - [Your compiler:] cc  (Intelコンパイラは非推奨)
       - Specify LIBXC settings       - Specify LIBXC settings
-        - [Would you like to use LIBXC (that you have installed)? (y,N):+        - [Would you like to use LIBXC (that you have installed)? (y,N):] n
-        - [Do you want to automatically search for LIBXC installations? (Y,n):] y +
-        - [Please specify a comma separated list of directories to search! (If no list is entered, /usr/local and /opt will be searched as default):] /opt/ +
-        - [Is this the correct directory? (Y,n):] y+
       - Specify FFTW settings       - Specify FFTW settings
         - [Do you want to use FFTW (recommended, but for sequential code not required)? (Y,n):] y         - [Do you want to use FFTW (recommended, but for sequential code not required)? (Y,n):] y
Line 59: Line 56:
         - [Please specify the name of your FFTW library or accept present choice (enter):] Enter         - [Please specify the name of your FFTW library or accept present choice (enter):] Enter
         - [Is this correct? (Y,n):] y         - [Is this correct? (Y,n):] y
 +        - [Selection:] s
   - Configure Parallel Execution   - Configure Parallel Execution
     - [Shared Memory Architecture? (y/N):] y     - [Shared Memory Architecture? (y/N):] y
Line 83: Line 81:
   - Temp Path   - Temp Path
     - [Please enter the full path to your temporary directory:] /tmp     - [Please enter the full path to your temporary directory:] /tmp
 +
 +
 +==== 補足 ====
 +
 +Intel OneAPI (2021) を使うとFFTW3とのリンクでエラーが出るようです(以下は 3ddens でコケる例)
 +<code>
 +ifort -o ./3ddens modules.o fft_modules.o fftpack_helpers.o 3ddens.o setfft2.o stern.o rotdef.o rotato.o rotat.o charge.o calculate_neighbours.o ylm.o radial.o sum.o interp.o gener.o vnorm.o latgen.o rotate.o reduc.o write_xsf.o write_stm.o primitive_cell.o read_struct.o atom_sphere_dens.o  -L/usr/local/fftw3/lib -lfftw3  -O -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML -traceback -assume buffered_io -I/opt/intel/oneapi/mkl/latest/include -DFFTW3 -I/usr/local/fftw3/include  -qopenmp
 +/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(apiplan.o):(.eh_frame+0x11): undefined reference to `__gxx_personality_v0'
 +/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(execute-dft.o):(.eh_frame+0x11): undefined reference to `__gxx_personality_v0'
 +/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(mapflags.o):(.eh_frame+0x11): undefined reference to `__gxx_personality_v0'
 +/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(plan-dft-3d.o):(.eh_frame+0x11): undefined reference to `__gxx_personality_v0'
 +/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(plan-dft.o):(.eh_frame+0x11): undefined reference to `__gxx_personality_v0'
 +/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(plan-many-dft.o):(.eh_frame+0x11): more undefined references to `__gxx_personality_v0' follow
 +Makefile:64: recipe for target '3ddens' failed
 +make: *** [3ddens] Error 1
 +make: *** No rule to make target 'complex' Stop.
 +</code>
 +
 +
 +siteconfigを再び起動してコンパイラのオプションに -lstdc++ を追加してください。
 +
 +  * siteconfigを実行します<code>
 +$ ./siteconfig
 +</code>
 +  * [Selection:] O ... Compiler options
 +  * [Selection:] O ... Compiler options
 +    * コンパイラオプションの最後に -lstdc++ を追加します。例えば次のようになります<code>
 +Compiler options=-O -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML -traceback -assume buffered_io -I$(MKLROOT)/include -lstdc++
 +</code>
 +  
 +
  
 ==== 参考 ==== ==== 参考 ====
wien2k/インストール_19.1.txt · Last modified: 2021/06/27 22:04 (external edit)