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wien2k:インストール_21.1

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wien2k:インストール_21.1 [2021/04/22 03:52]
koudai [参考]
wien2k:インストール_21.1 [2021/06/27 22:04]
127.0.0.1 external edit
Line 5: Line 5:
   * tcsh   * tcsh
   * XCrySDen   * XCrySDen
-  * MPIでコンパイルしたFFTW3+  * MPIでコンパイルした[[数値計算ライブラリ:FFTW3]]
     * FFTWをビルドする際に<nowiki>--enable-openmp</nowiki> のフラグをつけた場合はうまく行きませんでした     * FFTWをビルドする際に<nowiki>--enable-openmp</nowiki> のフラグをつけた場合はうまく行きませんでした
   * C/C++とFortranのコンパイラ。Intel Parallel Studio XE 推奨   * C/C++とFortranのコンパイラ。Intel Parallel Studio XE 推奨
Line 20: Line 20:
  
 商用だと50万円くらいしますが、アカデミック版は5万円くらいで買えます。 商用だと50万円くらいしますが、アカデミック版は5万円くらいで買えます。
-===== コンパイル(Ubuntu20.04 + WIEN2k_21.1 + Intel OneAPI 2021) =====+===== コンパイル(Ubuntu20.04 + WIEN2k_21.1 + Intel OneAPI 2021.1) =====
  
 配布されているプログラムをコンパイルします。 配布されているプログラムをコンパイルします。
Line 32: Line 32:
 $ tar -xvf WIEN2k_21.1.tar $ tar -xvf WIEN2k_21.1.tar
 $ gunzip *.gz $ gunzip *.gz
-$ ./check_minimal_software_requirements.sh   # 必要なソフトが入っていなければ知らせてくれます。精度高くないのでやらなくても可+$ ./check_minimal_software_requirements.sh   # 必要なソフトが入っていなければ知らせてくれます。やらなくても可
 $ ./expand_lapw $ ./expand_lapw
 </code> </code>
Line 46: Line 46:
       - Specify LIBXC settings       - Specify LIBXC settings
         - [Would you like to use LIBXC (usually not needed, ONLY for experts who want to play with different DFT options. It must have been installed before)? (y,N):] n         - [Would you like to use LIBXC (usually not needed, ONLY for experts who want to play with different DFT options. It must have been installed before)? (y,N):] n
 +          * 通常はWIEN2kに実装されている交換相関汎関数で十分だが、いろいろ変えて遊びたいのであればyを指定して次のようにする(Libxcをインストールしていること)
 +            - [Do you want to automatically search for LIBXC installations? (Y,n):] y
 +            - [Please specify a comma separated list of directories to search! (If no list is entered, /usr/lib64, /usr/local and /opt will be searched as default):] Enter
 +            - [Is this the correct directory? (Y,n):] (正しければ)y
       - Specify FFTW settings       - Specify FFTW settings
         - [Do you want to automatically search for FFTW installations? (Y,n):] y         - [Do you want to automatically search for FFTW installations? (Y,n):] y
-        - [Please specify a comma separated list of directories to search! (If no list is entered, /usr/local and /opt will be searched as default):/usr/local+        - [Please specify a comma separated list of directories to search! (If no list is entered, /usr/local and /opt will be searched as default):Enter
         - [Do you want to use a FFTW version from the list above? (Y,n):] y         - [Do you want to use a FFTW version from the list above? (Y,n):] y
         - [Please enter the line number of the chosen version or enter 0 to manually specify your choice!:] Enter         - [Please enter the line number of the chosen version or enter 0 to manually specify your choice!:] Enter
Line 63: Line 67:
       - [Do you want to use a present ScaLAPACK installation? (Y,n):] y       - [Do you want to use a present ScaLAPACK installation? (Y,n):] y
       - [Do you want to use the MKL version of ScaLAPACK? (Y,n):] y       - [Do you want to use the MKL version of ScaLAPACK? (Y,n):] y
-      - Please specify your MKL_TARGET_ARCH (e.g. intel64)!: intel64+      - [Please specify your MKL_TARGET_ARCH (e.g. intel64)!:intel64
       - [Do you use Intel MPI? (Y,n):] y       - [Do you use Intel MPI? (Y,n):] y
       - [Is this correct? (Y,n):] y       - [Is this correct? (Y,n):] y
Line 83: Line 87:
  
  
-==== 補足 ==== 
  
-Intel OneAPI (2021) を使うとFFTW3とのリンクでエラーが出るようです(以下は 3ddens でコケる例) 
-<code> 
-ifort -o ./3ddens modules.o fft_modules.o fftpack_helpers.o 3ddens.o setfft2.o stern.o rotdef.o rotato.o rotat.o charge.o calculate_neighbours.o ylm.o radial.o sum.o interp.o gener.o vnorm.o latgen.o rotate.o reduc.o write_xsf.o write_stm.o primitive_cell.o read_struct.o atom_sphere_dens.o  -L/usr/local/fftw3/lib -lfftw3  -O -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML -traceback -assume buffered_io -I/opt/intel/oneapi/mkl/latest/include -DFFTW3 -I/usr/local/fftw3/include  -qopenmp 
-/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(apiplan.o):(.eh_frame+0x11): undefined reference to `__gxx_personality_v0' 
-/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(execute-dft.o):(.eh_frame+0x11): undefined reference to `__gxx_personality_v0' 
-/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(mapflags.o):(.eh_frame+0x11): undefined reference to `__gxx_personality_v0' 
-/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(plan-dft-3d.o):(.eh_frame+0x11): undefined reference to `__gxx_personality_v0' 
-/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(plan-dft.o):(.eh_frame+0x11): undefined reference to `__gxx_personality_v0' 
-/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(plan-many-dft.o):(.eh_frame+0x11): more undefined references to `__gxx_personality_v0' follow 
-Makefile:64: recipe for target '3ddens' failed 
-make: *** [3ddens] Error 1 
-make: *** No rule to make target 'complex' Stop. 
-</code> 
- 
- 
-siteconfigを再び起動してコンパイラのオプションに -lstdc++ を追加してください。 
- 
-  * siteconfigを実行します<code> 
-$ ./siteconfig 
-</code> 
-  * [Selection:] O ... Compiler options 
-  * [Selection:] O ... Compiler options 
-    * コンパイラオプションの最後に -lstdc++ を追加します。例えば次のようになります<code> 
-Compiler options=-O -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML -traceback -assume buffered_io -I$(MKLROOT)/include -lstdc++ 
-</code> 
-   
  
  
wien2k/インストール_21.1.txt · Last modified: 2022/11/30 17:53 by koudai