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--- 自作クラスタ計算機:ユーザー向け利用ガイド [2023/01/23 07:21] – [プログラムの実行] koudai
+++ 自作クラスタ計算機:ユーザー向け利用ガイド [2023/12/03 21:30] (current) – [プログラムの実行] koudai
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 ジョブスケジューラであるOpenPBSの設定をします
-==== 準備 ====
-.bashrcの最後の行にPBSのパスを追加します。
-<code>
-$ vim .bashrc
-</code>
-<file - .bashrc>
-（略）
-export PATH=/opt/pbs/bin/:/opt/pbs/sbin:$PATH
-</file>
-<code>
-$ source ~/.bashrc
-</code>
-PBSのインストールディレクトリが見つからない場合は管理者に確認してください。
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 ジョブスケジューラでプログラムを実行すれば、サーバーからログアウト後もプログラムは動き続けます。
-=== 並列化なし ===
+=== 並列化なしでの簡単な例 ===
 次のスクリプトファイルをプログラムと同じディレクトリに作成します。
@@ Line 218: / Line 197: @@
 $ pbsnodes -aSj
 </code>
+=== 並列化する場合 ===
+使用には数値計算プログラムをOpenMPやMPIによる並列化に対応させる必要があります。
+  * select ... ノードの数を指定します
+  * ncpus ... 1ノードあたりのCPUのコア数を指定します
+  * mpiprocs ... 1ノードあたりのMPIスレッド数を指定します
+  * ompthreads ... OpenMPスレッド数を指定します
+ncpus = mpiprocs × ompthreads となるように設定します。
+=== 例：OpenMPのみ ===
+スレッドのOpenMP並列の例です。
+<file - run.sh>
+#!/bin/bash
+#PBS -V
+#PBS -l select=1:ncpus=12:ompthreads=12
+cd $PBS_O_WORKDIR
+./a.out
+</file>
+=== 例：OpenMPとMPIのハイブリッド実行 ===
+ノード48コア（1ノード当たり24コア）を使用し、MPIスレッドは全部で4つ作る例です。
+各MPIスレッドでOpenMPは12並列です
+<file - run.sh>
+#!/bin/bash
+#PBS -V
+#PBS -l select=2:ncpus=24:mpiprocs=2:ompthreads=12
+cd $PBS_O_WORKDIR
+./a.out
+</file>