quantumespresso:フォノンの状態密度と分散
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| quantumespresso:フォノンの状態密度と分散 [2020/11/20 01:07] – [固有振動モードの可視化] koudai | quantumespresso:フォノンの状態密度と分散 [2021/06/27 22:04] (current) – external edit 127.0.0.1 | ||
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| Line 56: | Line 56: | ||
| |nq1, | |nq1, | ||
| - | 実行は次のようにする。 | + | 実行は次のようにします。 |
| $ ph.x < Si.ph.in > Si.ph.out | $ ph.x < Si.ph.in > Si.ph.out | ||
| - | フォノンの計算には時間がかかるので、メッシュのとりすぎに注意。 | + | フォノンの計算には時間がかかるので、メッシュのとりすぎに注意します。 |
| + | ただし、メッシュの数による収束は必ず確認すること。 | ||
| ===== 実空間へのフーリエ変換 ===== | ===== 実空間へのフーリエ変換 ===== | ||
| Line 169: | Line 171: | ||
| ==== 固有振動モードの可視化 ==== | ==== 固有振動モードの可視化 ==== | ||
| - | * [[http:// | + | * [[http:// |
| ホームディレクトリに戻り、Githubから必要なソフトをダウンロードします | ホームディレクトリに戻り、Githubから必要なソフトをダウンロードします | ||
| Line 179: | Line 181: | ||
| インストールします | インストールします | ||
| < | < | ||
| - | $ cd phononwebsite-gh-pages | + | $ cd phononwebsite |
| - | $ python setup.py install --user | + | $ python setup.py install --user |
| </ | </ | ||
| フォノン計算の作業ディレクトリに入り、SCF計算の入力ファイルをprefix.scf、フォノン分散の計算で得られたmatdyn.modesをprefix.modesという名前にコピーします。 | フォノン計算の作業ディレクトリに入り、SCF計算の入力ファイルをprefix.scf、フォノン分散の計算で得られたmatdyn.modesをprefix.modesという名前にコピーします。 | ||
| prefixの部分はなんでも良いです。 | prefixの部分はなんでも良いです。 | ||
| - | * 結晶の基本並進ベクトル CELL_PARAMETERS を指定している場合は、ボーア半径を単位とするデカルト座標で指定してください。 | + | * 結晶の基本並進ベクトル CELL_PARAMETERS を指定している場合は、ボーア半径で指定してください。 |
| - | * 原子位置 (ATOMIC_POSITIONS) は分率座標 (crystal) で指定してください | + | * 原子位置 (ATOMIC_POSITIONS) は分率座標 (crystal) で指定してください。 |
| そして次のコマンドを実行します。 | そして次のコマンドを実行します。 | ||
| Line 194: | Line 196: | ||
| すると prefix.json というファイルが得られます。 | すると prefix.json というファイルが得られます。 | ||
| - | さきほどダウンロードしたディレクトリの中にある phononwebsite-gh-pages/ | + | さきほどダウンロードしたディレクトリの中にある phononwebsite/ |
| - | * エネルギー分散をクリックすることで、そのエネルギーに対応する固有振動モードを見ることができます | + | * エネルギー分散をクリックすることで、そのエネルギーに対応する固有振動モードのアニメーションを見ることができます |
| * 振動のアニメーションを保存したい場合は Export movie の [gif] をクリックすると録画が開始します。 | * 振動のアニメーションを保存したい場合は Export movie の [gif] をクリックすると録画が開始します。 | ||
| ===== 注意 ===== | ===== 注意 ===== | ||
| - | 構造が不安定な系では、対応するモードのフォノンの波数が負になる。 | + | 構造が不安定な系では、対応するモードのフォノンの振動数が複素数になります（出力ファイルは負の振動数で表現されます）。 |
| - | もし有限温度で構造相転移があるのであれば、pw.xで計算する際に& | + | これは簡単にはフォノンのバネ定数が負になってしまう（つまり変形したほうがエネルギー的に安定）ことに対応します。 |
| - | 1[Ry]=158000[K]なので、例えばdegaus=0.001とすれば158Kで構造が安定か調べることができる。 | + | |
| - | + | ||
| - | （ただし、pw.x計算の際にk点の数はかなりたくさん必要になる） | + | |
quantumespresso/フォノンの状態密度と分散.1605802060.txt.gz · Last modified: 2021/06/27 22:00 (external edit)