• LaTeXで作ったファイルをPDFにするためには、TeXファイルをコンパイルしたものをDVIファイルとして出力し、PDFファイルに変換する、という一連の作業が必要です。
• latexmkはユーザーの代わりにこの一連の流れを自動で行ってくれます。
• 英語のファイルであれば特に設定しなくてもTeXファイルをPDFにできますが、日本語の場合はpLaTeXというものを使う必要があるために設定が必要です。

ホーム・ディレクトリ（ユーザー名がUSERNAMEの場合、Mac, Linuxの場合は /home/USERNAME/、Windowsの場合は C:\Users\USERNAME）に次の .latexmkrc というファイルを作成します。

.latexmkrc

#!/usr/bin/env perl
 
$latex = 'platex -synctex=1 -halt-on-error -interaction=nonstopmode -file-line-error %O %S';
$bibtex = 'pbibtex %O %S';
$biber = 'biber --bblencoding=utf8 -u -U --output_safechars %O %S';
$makeindex = 'mendex %O -o %D %S';
$dvipdf = 'dvipdfmx %O -o %D %S';
 
$max_repeat = 5;
$pdf_mode = 3;
 
# preview
$pvc_view_file_via_temporary = 0;
if ($^O eq 'linux') {
    $dvi_previewer = "xdg-open %S";
    $pdf_previewer = "xdg-open %S";
} elsif ($^O eq 'darwin') {
    $dvi_previewer = "open %S";
    $pdf_previewer = "open %S";
} else {
    $dvi_previewer = "start %S";
    $pdf_previewer = "start %S";
}

%Sはソースファイル、%Oはオプション、%Dは出力ファイルに置き換えられます（もし指定しなくてもlatexmkが自動的に補完してくれます）

• $latex … TeXファイルをコンパイルしてDVIファイルを作成するのに使うコマンドを指定します。日本語の文章では platex がよく使われます
  • -synctex=1 … プレビュー画面からソースコードの該当箇所に移動できるようにします
  • -halt-on-error … コンパイル中にエラーが発生した場合、コンパイルを終了します。
  • -interaction=nonstopmode … コンパイル中にエラーが起きても、ユーザーにどう処理するかの指示を求めずにコンパイルを続行します
  • -file-line-error … TeXファイルの何行目でエラーが発生したかを表示します
    • https://tex.stackexchange.com/questions/258814/what-is-the-difference-between-interaction-nonstopmode-and-halt-on-error
• $bibtex … BiblatexのバックエンドにBibTeXを使用するときのコマンドを指定します。日本語の文章では pbibtex がよく使われます
• $biber … Bibtexのバックエンドにbiberを使用するときのコマンドを指定します。
  • –bblencoding=utf8 … bblファイル（参考文献ファイル）の文字コードをUTF-8にします
  • -u … 入力ファイルの文字コードをUTF-8にします
  • -U … 出力ファイルの文字コードをUTF-8にします
  • –output_safechars … ユニコード文字をLaTeXの命令を使ってエンコードした形で出力させます
• $makeindex … 索引を作成するときのコマンドを指定します。\usepackage{makeidx}を使うときに必要になります。日本語の文章ではmendexがよく使われます
• $dvipdf … LaTeXにより出力されたDVIファイルをPDFファイルに変換するコマンドです。日本語の文章ではdvipdfmxがよく使われます。
• $max_repeat … 最大何回コンパイルするかを指定します。
• $pdf_mode … PDFの出力形式を指定します
  • 0 … \$latexにより dviファイルを生成する。PDFを出力しない
  • 1 … \$pdflatexを使って、DVIファイルなどを経由せずに直接PDFを作成
  • 2 … \$latexにより生成されたDVIファイルを\$dvipsによりPSファイルに変換したあと、\$ps2pdfによりPDFを作成
  • 3 … \$latexにより dviファイルを生成し、\$dvipdfによりPDFを作成
  • 4 … （おまけ機能）\$lualatexにより直接PDFを作成
  • 5 … （おまけ機能）\$xelatexによりDVIを生成後、\$xdvipdfmxによりPDFを作成
• $pvc_view_file_via_temporary … latexmkを-pvcオプションをつけて実行すると、texファイルに変更があるたびに自動で再コンパイルする。その際に、昔のデータをいくつ残しておくかを指定する（0だと残さない）
• $dvi_previewer … DVIのプレビューを表示するためのプログラムを指定します。synctexに対応しているものを使います
• $pdf_previewer … PDFのプレビューを表示するためのプログラムを指定します。synctexに対応しているものを使います

設定ファイルが作成できたら、TeXファイルはコマンドラインからコンパイルできるようになります。 例えば、test.texというファイルをDVI経由でPDFにしたあと、プレビュー画面を開き、texファイルに更新があれば再コンパイルしたい場合は、次のようにします

$ latexmk -pdfdvi -pvc test.tex

よく使うオプションは次のとおりです。

• -pdfdvi … \$latexを使ってDVIファイルを生成したあと、\$dvipdfによりPDFファイルに変換する(pdf_mode=3に相当)。-latex=uplatex などで一時的に\$latexを変更可能
• -pdf … \$pdflatexを使ってPDFファイルを生成する(pdf_mode=1に相当)。-pdflatex=lualatex などで一時的に\$pdflatexを変更可能
• -pv … TeXファイルをコンパイル後にPDFのプレビューを開く
• -pvc … -pvの機能に加えて、texファイルを監視し、変更があったときに自動で再コンパイルを行う（PDFのプレビューを閉じるまで）。
• -c … 中間ファイル(.logや.auxなど)を削除（コンパイルは行わない）
• -C … 出力ファイル(.dviや.pdfなど)を削除（コンパイルは行わない）

オプション一覧は

$ latexmk -h

で確認してください。

その他のオプションをつけたときは %O に代入されます。