自作クラスタ計算機:ユーザー向け利用ガイド
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自作クラスタ計算機:ユーザー向け利用ガイド [2023/01/24 14:34] koudai [プログラムの実行] |
自作クラスタ計算機:ユーザー向け利用ガイド [2023/12/03 21:30] (current) koudai [プログラムの実行] |
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| Line 122: | Line 122: | ||
| ジョブスケジューラであるOpenPBSの設定をします | ジョブスケジューラであるOpenPBSの設定をします | ||
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| - | ==== 準備 ==== | ||
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| - | .bashrcの最後の行にPBSのパスを追加します。 | ||
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| - | $ vim .bashrc | ||
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| - | <file - .bashrc> | ||
| - | （略） | ||
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| - | export PATH=/ | ||
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| - | $ source ~/.bashrc | ||
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| - | PBSのインストールディレクトリが見つからない場合は管理者に確認してください。 | ||
| Line 222: | Line 201: | ||
| === 並列化する場合 === | === 並列化する場合 === | ||
| - | 使用にはOpenMPやMPIによるプログラムの並列化が必要です。 | + | 使用には数値計算プログラムをOpenMPやMPIによる並列化に対応させる必要があります。 |
| * select ... ノードの数を指定します | * select ... ノードの数を指定します | ||
| Line 228: | Line 207: | ||
| * mpiprocs ... 1ノードあたりのMPIスレッド数を指定します | * mpiprocs ... 1ノードあたりのMPIスレッド数を指定します | ||
| * ompthreads ... OpenMPスレッド数を指定します | * ompthreads ... OpenMPスレッド数を指定します | ||
| + | |||
| + | ncpus = mpiprocs × ompthreads となるように設定します。 | ||
| === 例：OpenMPのみ === | === 例：OpenMPのみ === | ||
| Line 236: | Line 217: | ||
| #!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
| #PBS -V | #PBS -V | ||
| - | #PBS -l select=1: | + | #PBS -l select=1: |
| cd $PBS_O_WORKDIR | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
| Line 246: | Line 227: | ||
| === 例：OpenMPとMPIのハイブリッド実行 === | === 例：OpenMPとMPIのハイブリッド実行 === | ||
| - | 2ノードを使用し、MPIスレッド数は4つ、各スレッドでOpenMPを12並列させる場合です | + | 2ノード48コア（1ノード当たり24コア）を使用し、MPIスレッドは全部で4つ作る例です。 |
| - | + | 各MPIスレッドでOpenMPは12並列です | |
| - | < | + | |
| - | $ vim run.sh | + | |
| - | </ | + | |
| <file - run.sh> | <file - run.sh> | ||
| Line 261: | Line 239: | ||
| ./a.out | ./a.out | ||
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自作クラスタ計算機/ユーザー向け利用ガイド.1674538486.txt.gz · Last modified: 2023/01/24 14:34 by koudai
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