雑多な記録

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OSはUbuntu14.04を使いました。

====== 必要なソフトウェア ======

事前にMPIのライブラリをインストールしてください。
（一応、設定ではserial計算も可能です。）


====== QuantumESPRESSOのインストール ======

Quantum ESPRESSOのパッケージはhttp://www.quantum-espresso.org/からダウンロードできます。
ページ上部メニューから[DOWNLOAD]を選び、横のメニューバーにある [Download page] からダウンロードできます。
ダンロードしたファイルはホーム・ディレクトリに保存します。
Linuxのターミナル（端末）を開き、次のように入力してダウンロードしたファイルを解凍し、解凍したディレクトリの中に入ります。

<code>
$ tar -xzvf qe-6.2.1.tar.gz
$ cd qe-6.2.1
</code>

あるいは最新版であれば GitHub https://github.com/QEF/q-e/ からも入手できます
<code>
$ sudo apt install git
$ git clone https://github.com/QEF/q-e.git
$ cd q-e
</code>

以下では ~/q-e/ にQuantumESPRESSOがインストールされるとします。

Quantum ESPRESSOのインストールに必要な設定をします。

<code>
$ ./configure F90=gfortran F77=gfortran CC=gcc MPIF90=mpif90 --enable-openmp --enable-parallel  $ GNUコンパイラ
$ ./configure MPIF90=mpiifort F90=ifort F77=ifort CC=gcc --enable-openmp --enable-parallel --with-scalapack=intel   # Intel　Parallel Studio XE
$ ./configure MPIF90=mpiifort F90=ifort F77=ifort CC=icc CFLAGS="-D__PURE_INTEL_C99_HEADERS__" --enable-openmp --enable-parallel --with-scalapack=intel   # Cのコンパイラにiccがどうしても使いたい場合
$ make all
</code>
  * <nowiki>--enable-openmp</nowiki> ... OpenMPを使用した並列計算を自動的に行います
  * <nowiki>--enable-parallel</nowiki> ... MPIを使用した並列計算を行います。実はこのフラグをつけなくてもデフォルトでMPIを使用するので、MPIを使用したくない場合は <nowiki>--enable-parallel=no</nowiki> としてください。
  * <nowiki>--with-scalapack=intel</nowiki> ... Intelコンパイラに同梱のScalapackを使用します
    * 詳しくはインストールマニュアルを参照してください。 

GNUコンパイラを使う場合でも、MKLが入っていれば自動でMKLを使用します。

makeには時間がかかるので、のんびり終わるのを待ちます。
コンパイルが終了したら、ホーム・ディレクトリにある.bashrc を編集します。
<code>
$ gedit ~/.bashrc
</code>
でファイルを開き、ファイルの一番最後の行に次の一文を書き加えます。
<file>
export PATH=$PATH:/home/username/q-e/bin/
</file>

ファイルを保存、終了して端末に戻り、 .bashrc を読み込んでインストールが完了します。

<code>
$ source ~/.bashrc
</code>

あるいはコンピュータを再起動することでもインストールが完了します。


===== Intel MKLを使う場合の注意 =====

Intel MKL 11.3.2および11.3.3のScaLAPACKにバグがあり、MPIによる並列計算を実行したときにエラーが出力されることがあります。
MKLを使う場合は、それ以前あるいはそれ以後のバージョンを使用するように注意してください。


====== XCrySDenのインストール ======

XCrySDenは結晶構造やフェルミ面、電荷密度分布といったものを3Dで表示するソフトです。 入れておくと大変便利です。

UbuntuなどのDebian系でapt-getが使えれば、インストールは極めて簡単です。 端末を開いて

<code>
$ sudo apt-get install xcrysden
</code>

でインストールが完了します。


====== make でエラーが出る場合 ======

Ubuntu 18.04でmake allしたら次のエラーメッセージが出てきました（QE6.5）。

<code>
$ ./configure MPIF90=mpiifort F90=ifort F77=ifort CC=gcc
（略）
configure: success
$ make all
（略）
mpiifort -O3 -g -fopenmp -x f95-cpp-input -fopenmp -D__DFTI   -I/home/sugimoto/q-e//include -I/home/sugimoto/q-e//FoX/finclude -I/home/sugimoto/q-e//S3DE/iotk/include/ -I/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.0.166/linux/mkl/include  -c iotk_base.f90
ifort: コマンドライン警告 #10155: オプション '-x' を無視します。引数が必要です。
ifort: エラー #10236: ファイルが見つかりません: 'f95-cpp-input'
（略）
</code>

configureファイルがうまく生成されていないようです。
Intel Fortranが使えないようですので、こうなった場合は
<code>
$ sudo apt install gfortran
$ ./configure MPIF90=mpif90 F90=gfortran F77=ifort CC=gcc
</code>
とすればうまく行きました。

このエラーはコンピュータによって出たり出なかったりするので謎です
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