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--- quantumespresso:フォノンの状態密度と分散 [2020/11/19 02:49]
koudai [固有振動モードの可視化]
+++ quantumespresso:フォノンの状態密度と分散 [2021/06/27 22:04] (current)
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 |nq1,nq2,nq3|x,y,z方向のメッシュの数|
-実行は次のようにする。
+実行は次のようにします。
   $ ph.x < Si.ph.in > Si.ph.out
-フォノンの計算には時間がかかるので、メッシュのとりすぎに注意。
+フォノンの計算には時間がかかるので、メッシュのとりすぎに注意します。
+ただし、メッシュの数による収束は必ず確認すること。
 ===== 実空間へのフーリエ変換 =====
@@ Line 169: / Line 171: @@
 ==== 固有振動モードの可視化 ====
-  * [[https://www.materialscloud.org/work/tools/interactivephonon|Interactive phonon visualizer]]を使えば、フォノンの各エネルギーに対応する固有振動モードを可視化することができます。
+  * [[http://henriquemiranda.github.io/phononwebsite/|Phonon website]]を使えば、フォノンの各エネルギーに対応する固有振動モードを可視化することができます。
-  * Si.scf.in と matdyn.modes をアップロードしてください。matdyn.modesはmatdyn.xを実行すると自動的に生成されます。
-===== 注意 =====
-構造が不安定な系では、対応するモードのフォノンの波数が負になる。
+ホームディレクトリに戻り、Githubから必要なソフトをダウンロードします
-もし有限温度で構造相転移があるのであれば、pw.xで計算する際に&systemでsmearing='fd'として、degaussで温度依存性を調べることができる。
+<code>
-[Ry]=158000[K]なので、例えばdegaus=0.001とすれば158Kで構造が安定か調べることができる。
+$ cd
+$ git clone https://github.com/henriquemiranda/phononwebsite
+</code>
+インストールします
+<code>
+$ cd phononwebsite
+$ python setup.py install --user
+</code>
+フォノン計算の作業ディレクトリに入り、SCF計算の入力ファイルをprefix.scf、フォノン分散の計算で得られたmatdyn.modesをprefix.modesという名前にコピーします。
+prefixの部分はなんでも良いです。
+   * 結晶の基本並進ベクトル CELL_PARAMETERS を指定している場合は、ボーア半径で指定してください。
+   * 原子位置 (ATOMIC_POSITIONS) は分率座標 (crystal) で指定してください。
+そして次のコマンドを実行します。
+<code>
+$ read_qe_phonon.py prefix
+</code>
+すると prefix.json というファイルが得られます。
+さきほどダウンロードしたディレクトリの中にある phononwebsite/phonon.html か、あるいは https://henriquemiranda.github.io/phononwebsite/phonon.html を開き、Custom file の [Browse] で prefix.json を開きます。
+  * エネルギー分散をクリックすることで、そのエネルギーに対応する固有振動モードのアニメーションを見ることができます
+  * 振動のアニメーションを保存したい場合は Export movie の [gif] をクリックすると録画が開始します。
+===== 注意 =====
-（ただし、pw.x計算の際にk点の数はかなりたくさん必要になる）
+構造が不安定な系では、対応するモードのフォノンの振動数が複素数になります（出力ファイルは負の振動数で表現されます）。
+これは簡単にはフォノンのバネ定数が負になってしまう（つまり変形したほうがエネルギー的に安定）ことに対応します。

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