Memo | Python

Python for CosmoMC

COSMOSにcosmoMCに内包されているpythonスクリプトを利用できるようにするためのメモ。 saga <----> ユーザー名で適宜置き換える。

Pythonのインストール

python2.7.6をインストールした。
python3はcosmoMCのスクリプトでエラーを吐くのでよくなさそう。
基本的に/home/saga で作業を行った。
Python2.7.6をダウンロードする。

wget http://www.python.org/ftp/python/2.7.6/Python-2.7.6.tgz

これを解凍して移動。

tar zxvf Python-2.7.6.tgz
cd Python-2.7.6

インストール

./configure --prefix=/home/saga/python
make
make install

これでpython2.7がインストールされた。
cosmos上の他のpythonとブッキングしてたので~/.bashrc にaliasを加えた。
ここでは2をつけて定義しておく。

alias python2='/home/saga/python2/bin/python2.7'

pythonのパッケージ管理システムpipを入れる。
python2.7はpipが自動でインストールされないため、pipを入れる。

wget https://raw.github.com/pypa/pip/master/contrib/get-pip.py
python2 get-pip.py

このpipも~/.bashrc で定義しておく。

alias pip2='/home/saga/python2/bin/pip2.7'
alias easy_install2='/home/saga/python2/bin/easy_install-2.7'

これでpythonはインストールされた。残りの必要なものをインストールしていく。

pipでインストールできるもの

pipを使ってインストールできたものはnumpyとmatplotlibのみだった。

pip install numpy
pip install matplotlib

Pythonの利用

cosmoMCは次のような構造になっているためPYTHONPATHを通す必要がある。

cosmomc/python/pythonのスクリプトたち
cosmomc/getdistで出力される先のディレクトリ

なので、cosmomc のディレクトリ中でpythonを利用して出力したいとき、

python2 getdistで出力される先のディレクトリ/hoge_2D.py

とかとやると思うがPATHが通っていないのでcosmomc/python が使えない。
ここにPATHを通すために、~/.bashrc に

PYTHONPATH=/work6/saga/cosmoMC/cosmomc_vector/python:$PYTHONPATH
export PYTHONPATH

と加えたらいける。