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--- 自作クラスタ計算機:ユーザー向け利用ガイド [2023/01/24 14:32] – [プログラムの実行] koudai
+++ 自作クラスタ計算機:ユーザー向け利用ガイド [2023/12/03 21:30] (current) – [プログラムの実行] koudai
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 ジョブスケジューラであるOpenPBSの設定をします
-==== 準備 ====
-.bashrcの最後の行にPBSのパスを追加します。
-<code>
-$ vim .bashrc
-</code>
-<file - .bashrc>
-（略）
-export PATH=/opt/pbs/bin/:/opt/pbs/sbin:$PATH
-</file>
-<code>
-$ source ~/.bashrc
-</code>
-PBSのインストールディレクトリが見つからない場合は管理者に確認してください。
@@ Line 222: / Line 201: @@
 === 並列化する場合 ===
-使用にはOpenMPやMPIによるプログラムの並列化が必要です。
+使用には数値計算プログラムをOpenMPやMPIによる並列化に対応させる必要があります。
   * select ... ノードの数を指定します
-  * ncpus ... CPUのコア数を指定します
+  * ncpus ... 1ノードあたりのCPUのコア数を指定します
-  * mpiprocs ... MPIスレッド数を指定します
+  * mpiprocs ... 1ノードあたりのMPIスレッド数を指定します
   * ompthreads ... OpenMPスレッド数を指定します
+ncpus = mpiprocs × ompthreads となるように設定します。
 === 例：OpenMPのみ ===
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 #!/bin/bash
 #PBS -V
-#PBS -l select=1:ncpus=1:ompthreads=12
+#PBS -l select=1:ncpus=12:ompthreads=12
 cd $PBS_O_WORKDIR
@@ Line 246: / Line 227: @@
 === 例：OpenMPとMPIのハイブリッド実行 ===
-ノードを使用し、MPIスレッド数は4つ、各スレッドでOpenMPを12並列させる場合です
+ノード48コア（1ノード当たり24コア）を使用し、MPIスレッドは全部で4つ作る例です。
+各MPIスレッドでOpenMPは12並列です
-<code>
-$ vim run.sh
-</code>
 <file - run.sh>
 #!/bin/bash
 #PBS -V
-#PBS -l select=2:ncpus=48:mpiprocs=4:ompthreads=12
+#PBS -l select=2:ncpus=24:mpiprocs=2:ompthreads=12
 cd $PBS_O_WORKDIR
@@ Line 261: / Line 239: @@
 ./a.out
 </file>