自作クラスタ計算機:pbs_proの基本設定
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自作クラスタ計算機:pbs_proの基本設定 [2023/05/02 18:57] – [ノードごとの負荷の分散] koudai | 自作クラスタ計算機:pbs_proの基本設定 [2023/12/26 23:49] (current) – [計算ノードの登録] koudai | ||
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Line 126: | Line 126: | ||
$ sudo / | $ sudo / | ||
</ | </ | ||
- | - いったんログアウトして、再ログインします(インストール時に設置された | + | - 環境変数を読み込む設定をします。すべてのユーザーがPBSを使えるように /etc/bash.bashrcを編集します< |
- | $ exit | + | $ sudo vim / |
- | </ | + | </ |
+ | (略) | ||
+ | . / | ||
+ | </ | ||
+ | - いったんログアウトして、再ログインします | ||
===== 計算ノードでの作業 ===== | ===== 計算ノードでの作業 ===== | ||
Line 211: | Line 215: | ||
Qmgr: set node keisan12 resources_available.ncpus=24 | Qmgr: set node keisan12 resources_available.ncpus=24 | ||
... | ... | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | ノードの設定状況も確認できます | ||
+ | < | ||
+ | Qmgr: print node keisan11 | ||
+ | # | ||
+ | # Create nodes and set their properties. | ||
+ | # | ||
+ | # | ||
+ | # Create and define node yagami11 | ||
+ | # | ||
+ | create node yagami11 | ||
+ | set node keisan11 state = free | ||
+ | set node keisan11 resources_available.arch = linux | ||
+ | set node keisan11 resources_available.host = keisan11 | ||
+ | set node keisan11 resources_available.mem = 131666992kb | ||
+ | set node keisan11 resources_available.ncpus = 24 | ||
+ | set node keisan11 resources_available.vnode = keisan11 | ||
+ | set node keisan11 resv_enable = True | ||
</ | </ | ||
Line 261: | Line 284: | ||
===== MPIの設置 ===== | ===== MPIの設置 ===== | ||
- | * OpenMPI, MPICH2, Intel MPIなどのMPIライブラリを管理ノードの / | + | * OpenMPI, MPICH2, Intel MPIなどのMPIライブラリを管理ノードの / |
- | * 学生であれば Intel Parallel Studio XE が無償で使えて便利です | + | |
===== ソースコード ===== | ===== ソースコード ===== | ||
Line 375: | Line 396: | ||
* ompthreadsはMPIの1プロセスあたりのOpenMPのスレッド数です | * ompthreadsはMPIの1プロセスあたりのOpenMPのスレッド数です | ||
- | * mpiprocs * ompthreads = ncpus となるようにしてください | + | * 基本的には |
- | * OpenMPのスレッド数は、1つの計算ノードに含まれるCPUコア数以下になるようにしてください | + | |
====== Fairshare ====== | ====== Fairshare ====== | ||
Line 399: | Line 419: | ||
node_sort_key: | node_sort_key: | ||
</ | </ | ||
+ | |||
+ | (各計算ノードのコア数がすべて同じ場合は、どちらも同じ結果になります) | ||
PBSを再起動します。 | PBSを再起動します。 |
自作クラスタ計算機/pbs_proの基本設定.1683021479.txt.gz · Last modified: 2023/05/02 18:57 by koudai