====== 準備 ======
以下のソフトを事前にインストールしてください。
* tcsh
* XCrySDen
* MPIでコンパイルしたFFTW3
* FFTWをビルドする際に--enable-openmp のフラグをつけた場合はうまく行きませんでした
* C/C++とFortranのコンパイラ。Intel Parallel Studio XE 推奨
tcshなどはaptで手に入ります。
$ sudo apt install tcsh
====== 手順 ======
有料ソフトなので、当然ですが事前に購入する必要があります。
* http://susi.theochem.tuwien.ac.at/order/
商用だと50万円くらいしますが、アカデミック版は5万円くらいで買えます。
===== コンパイル(Ubuntu18.04 + WIEN2k_19.1 + Intel Parallel Studio XE 2019) =====
配布されているプログラムをコンパイルします。
[[http://susi.theochem.tuwien.ac.at/reg_user/index.html|WIEN2k-Registered Users]]
* インストール用のフォルダを作る
$ mkdir WIEN2k_19.1
* WIEN2k_19.1.tarをインストールするフォルダに入れる
* インストールするフォルダに入って、HPの手順通りに実行するとコードが展開される
$ tar -xvf WIEN2k_19.1.tar
$ gunzip *.gz
$ chmod +x expand_lapw
$ ./expand_lapw
* continue (y/n) y
* コンパイルの設定を行う。[Press RETURN to continue][Hit Enter to continue]はEnterを押すだけなので省略
$ ./siteconfig
- Specify a system
- [Selection:] LI
- Specify compiler and linker options
- [Your compiler:] ifort
- [Your compiler:] cc (Intelコンパイラは非推奨)
- Specify LIBXC settings
- [Would you like to use LIBXC (that you have installed)? (y,N):] n
- Specify FFTW settings
- [Do you want to use FFTW (recommended, but for sequential code not required)? (Y,n):] y
- [Do you want to automatically search for FFTW installations? (Y,n):] y
- [Please specify a comma separated list of directories to search! (If no list is entered, /usr/local and /opt will be searched as default):] /usr/local/
- [Please specify whether you want to use FFTW3 (default) or FFTW2 (FFTW3 / FFTW2):] fftw3
- [Do you want to use a FFTW version from the list above? (Y,n):] y
- [Please enter the line number of the chosen version or enter 0 to manually specify your choice!:] Enter
- [Please specify the target achitecture of your FFTW library (e.g. lib64) or accept present choice (enter):] **lib**
- [Please specify the name of your FFTW library or accept present choice (enter):] Enter
- [Is this correct? (Y,n):] y
- [Selection:] s
- Configure Parallel Execution
- [Shared Memory Architecture? (y/N):] y
- [(like taskset -c). Enter N / your_specific_command:] n
- [Do you have MPI, ScaLAPACK, ELPA, or FFTW installed and intend to run finegrained parallel? ... (y/N)] y
- [Your compiler:] mpiifort
- Specify ScaLAPACK settings
- [Do you want to use a present ScaLAPACK installation? (Y,n):] y
- [Do you want to use the MKL version of ScaLAPACK? (Y,n):] y
- [Do you use Intel MPI? (Y,n):] y
- [Is this correct? (Y,n):] y
- Specify ELPA settings
- [Do you want to use ELPA? (y,N):] n
- Configure parallel execution
- [Please specify your parallel compiler options or accept the recommendations (Enter - default)!:] Enter
- [Please specify your MPIRUN command or accept the recommendations (Enter - default)!:] Enter
- [Selection:] S
- (Re-)Dimension parameters
- [Selection:] Q
- Compile/Recompile programs
- [Selection:] A
- Perl Path
- [Please enter the full path of the perl program:] /usr/bin/perl
- Temp Path
- [Please enter the full path to your temporary directory:] /tmp
==== 補足 ====
FFTW3とのリンクでエラーが出ることがあります(以下は 3ddens でコケる例)
ifort -o ./3ddens modules.o fft_modules.o fftpack_helpers.o 3ddens.o setfft2.o stern.o rotdef.o rotato.o rotat.o charge.o calculate_neighbours.o ylm.o radial.o sum.o interp.o gener.o vnorm.o latgen.o rotate.o reduc.o write_xsf.o write_stm.o primitive_cell.o read_struct.o atom_sphere_dens.o -L/usr/local/fftw3/lib -lfftw3 -O -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML -traceback -assume buffered_io -I/opt/intel/oneapi/mkl/latest/include -DFFTW3 -I/usr/local/fftw3/include -qopenmp
/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(apiplan.o):(.eh_frame+0x11): undefined reference to `__gxx_personality_v0'
/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(execute-dft.o):(.eh_frame+0x11): undefined reference to `__gxx_personality_v0'
/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(mapflags.o):(.eh_frame+0x11): undefined reference to `__gxx_personality_v0'
/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(plan-dft-3d.o):(.eh_frame+0x11): undefined reference to `__gxx_personality_v0'
/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(plan-dft.o):(.eh_frame+0x11): undefined reference to `__gxx_personality_v0'
/usr/local/fftw3/lib/libfftw3.a(plan-many-dft.o):(.eh_frame+0x11): more undefined references to `__gxx_personality_v0' follow
Makefile:64: recipe for target '3ddens' failed
make: *** [3ddens] Error 1
make: *** No rule to make target 'complex'. Stop.
siteconfigを再び起動してコンパイラのオプションに -lstdc++ を追加してください。
* siteconfigを実行します
$ ./siteconfig
* [Selection:] O ... Compiler options
* [Selection:] O ... Compiler options
* コンパイラオプションの最後に -lstdc++ を追加します。例えば次のようになります
Compiler options=-O -FR -mp1 -w -prec_div -pc80 -pad -ip -DINTEL_VML -traceback -assume buffered_io -I$(MKLROOT)/include -lstdc++
==== 参考 ====
* [[http://hmli.ustc.edu.cn/doc/app/wien2k17u1.htm]]
===== ユーザーごとの設定 =====
$ cd /path/to/WIEN2k/
$ ./userconfig_lapw
- editor shall be: vim
- Set editor to vim (Y/n): y
- DATA directory: /home/username/WIEN2kdata
- Set DATA directory to /home/username/WIEN2kdata (Y/n): y
- scratch directory: Enter
- Set scratch directory to working directory: y
- Specify your program to read pdf files (default is acroread) (on some Linux systems use xpdf): evince
- Set PDFREADER to evince (Y/n): y
- How many cores do you want to use by default (4): (パソコンのコア数を入力。コマンドnprocで調べられる)
- Set OMP_NUM_THREADS to コア数 (Y/n): y
- Do you want to continue (Y/n)?: y
- Edit .rhosts file now? (y/N): n