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xcrysden

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xcrysden [2018/06/02 15:44] koudaixcrysden [2026/06/09 04:01] (current) – [トラブルシューティング] koudai
Line 10: Line 10:
 ====== インストール方法 ====== ====== インストール方法 ======
  
-===== aptから =====+===== aptによる入手 =====
  
 Ubuntuならaptで入手できます。 Ubuntuならaptで入手できます。
Line 18: Line 18:
 この場合、/usr/share/xcrysden/にインストールされます。 この場合、/usr/share/xcrysden/にインストールされます。
  
-===== ソースコードから =====+===== ソースコードから自分でコンパイル =====
  
 ==== 事前に必要なもの ==== ==== 事前に必要なもの ====
Line 71: Line 71:
 $ ./xcConfigure.sh $ ./xcConfigure.sh
 </code> </code>
-質問に答えていきます。 自動的にbashrcを書き換えてくれるので、設定が終わったらコンピュータを再起動するか+質問に答えていきます。 
 +自動的にbashrcを書き換えてくれるので、終わったら
 <code> <code>
 $ source ~/.bashrc $ source ~/.bashrc
Line 77: Line 78:
 で設定が反映されます。 で設定が反映されます。
  
-==== 使用方法 ====+====== 使用方法 ======
  
 ターミナルから ターミナルから
Line 85: Line 86:
 で起動できます。 で起動できます。
  
 +
 +
 +
 +====== トラブルシューティング ======
 +
 +Ubuntu 24.04, 26.04では、以下のメッセージとともに起動しなくなるバグが報告されています
 +
 +<code>
 +$ xcrysden
 +
 ++-----------------------------------------------------------------+
 +|*****************************************************************|
 +|*                                                               *|
 +|*  XCrySDen -- (X-Window) CRYstalline Structures and DENsities  *|
 +|*                       ===                      ===        *|
 +|*---------------------------------------------------------------*|
 +|*                                                               *|
 +|*    Anton Kokalj (tone.kokalj@ijs.si)                          *|
 +|*    Jozef Stefan Institute, Ljubljana, Slovenia                *|
 +|*                                                               *|
 +|*    Copyright (c) 1996--2019 by Anton Kokalj                   *|
 +|*                                                               *|
 +|*****************************************************************|
 ++-----------------------------------------------------------------+
 +
 +  Version: 1.6.2
 +
 +  Please report bugs to: tone.kokalj@ijs.si
 +
 +
 +  TERMS OF USE:
 +  -------------
 +  XCRYSDEN is released under the GNU General Public License.
 +
 +  Whenever graphics generated by XCRYSDEN are used in scientific
 +  publications, it shall be greatly appreciated to include an explicit
 +  reference. The preferred form is the following:
 +
 +  [ref] A. Kokalj, J. Mol. Graph. Model., Vol. 17, pp. 176-179, 1999.
 +        Code available from http://www.xcrysden.org/.
 +
 +XCRYSDEN_TOPDIR=/usr/share/xcrysden
 +XCRYSDEN_SCRATCH=/tmp
 +
 +Running on platform : unix
 +   Operating system : Linux
 +Package ImageMagick's convert: /usr/bin/convert
 +Package ImageMagick's import: /usr/bin/import
 +Package Ppmtompeg: /usr/bin/ppmtompeg
 +Executing: /usr/lib/xcrysden/ftnunit
 +Error in startup script: 
 +Couldn't configure togl widget
 +    while executing
 +"togl .mesa  -width          400  -height         400  -ident          .mesa  -rgba           $toglOpt(rgba)           -redsize        $toglOpt(redsize..."
 +    (procedure "PlaceGlobWin" line 107)
 +    invoked from within
 +"PlaceGlobWin 0 [expr round(670 * $fac1)] [expr round(670 * $fac1)]"
 +    (procedure "ViewMol" line 25)
 +    invoked from within
 +"ViewMol ."
 +    invoked from within
 +"if { [llength $argv] > 2 } {
 +    parseComLinArg [lrange $argv 2 end]
 +} else {
 +    ViewMol .
 +}"
 +    (file "/usr/share/xcrysden/Tcl/xcInit.tcl" line 633)
 +</code>
 +
 +この場合は、
 +<code>
 +$ cd
 +$ mkdir .xcrysden
 +$ cd .xcrysden
 +$ cp /usr/share/xcrysden/Tcl/custom-definitions .
 +$ vim custom-definitions
 +</code>
 +
 +<file>
 +(略)
 +set toglOpt(accum) false
 +#set toglOpt(stereo) none
 +(略)
 +</file>
 +
 +としてください。
 +/usr/share/は、手動でインストールした場合は、そのインストールしたディレクトリです。
 +
 +===== 参考 =====
 +
 +  * https://mailman.ijs.si/pipermail/xcrysden/2025-March/002167.html
xcrysden.1527921845.txt.gz · Last modified: 2021/06/27 21:59 (external edit)