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quantumespresso:インストール方法

OSはUbuntu14.04を使いました。

必要なソフトウェア

事前にMPIのライブラリをインストールしてください。 (一応、設定ではserial計算も可能です。)

QuantumESPRESSOのインストール

Quantum ESPRESSOのパッケージはhttp://www.quantum-espresso.org/からダウンロードできます。 ページ上部メニューから[DOWNLOAD]を選び、横のメニューバーにある [Download page] からダウンロードできます。 ダンロードしたファイルはホーム・ディレクトリに保存します。 Linuxのターミナル(端末)を開き、次のように入力してダウンロードしたファイルを解凍し、解凍したディレクトリの中に入ります。

$ tar -xzvf qe-6.2.1.tar.gz
$ cd qe-6.2.1

あるいは最新版であれば GitHub https://github.com/QEF/q-e/ からも入手できます

$ sudo apt install git
$ git clone https://github.com/QEF/q-e.git
$ cd q-e

以下では ~/q-e/ にQuantumESPRESSOがインストールされるとします。

Quantum ESPRESSOのインストールに必要な設定をします。

$ ./configure F90=gfortran F77=gfortran CC=gcc MPIF90=mpif90 --enable-openmp --enable-parallel  $ GNUコンパイラ
$ ./configure MPIF90=mpiifort F90=ifort F77=ifort CC=gcc --enable-openmp --enable-parallel --with-scalapack=intel   # Intel Parallel Studio XE
$ ./configure MPIF90=mpiifort F90=ifort F77=ifort CC=icc CFLAGS="-D__PURE_INTEL_C99_HEADERS__" --enable-openmp --enable-parallel --with-scalapack=intel   # Cのコンパイラにiccがどうしても使いたい場合
$ make all
  • --enable-openmp … OpenMPを使用した並列計算を自動的に行います
  • --enable-parallel … MPIを使用した並列計算を行います。実はこのフラグをつけなくてもデフォルトでMPIを使用するので、MPIを使用したくない場合は --enable-parallel=no としてください。
  • --with-scalapack=intel … Intelコンパイラに同梱のScalapackを使用します
    • 詳しくはインストールマニュアルを参照してください。

GNUコンパイラを使う場合でも、MKLが入っていれば自動でMKLを使用します。

makeには時間がかかるので、のんびり終わるのを待ちます。 コンパイルが終了したら、ホーム・ディレクトリにある.bashrc を編集します。

$ gedit ~/.bashrc

でファイルを開き、ファイルの一番最後の行に次の一文を書き加えます。

export PATH=$PATH:/home/username/q-e/bin/

ファイルを保存、終了して端末に戻り、 .bashrc を読み込んでインストールが完了します。

$ source ~/.bashrc

あるいはコンピュータを再起動することでもインストールが完了します。

Intel MKLを使う場合の注意

Intel MKL 11.3.2および11.3.3のScaLAPACKにバグがあり、MPIによる並列計算を実行したときにエラーが出力されることがあります。 MKLを使う場合は、それ以前あるいはそれ以後のバージョンを使用するように注意してください。

XCrySDenのインストール

XCrySDenは結晶構造やフェルミ面、電荷密度分布といったものを3Dで表示するソフトです。 入れておくと大変便利です。

UbuntuなどのDebian系でapt-getが使えれば、インストールは極めて簡単です。 端末を開いて

$ sudo apt-get install xcrysden

でインストールが完了します。

make でエラーが出る場合

Ubuntu 18.04でmake allしたら次のエラーメッセージが出てきました(QE6.5)。

$ ./configure MPIF90=mpiifort F90=ifort F77=ifort CC=gcc
(略)
configure: success
$ make all
(略)
mpiifort -O3 -g -fopenmp -x f95-cpp-input -fopenmp -D__DFTI   -I/home/sugimoto/q-e//include -I/home/sugimoto/q-e//FoX/finclude -I/home/sugimoto/q-e//S3DE/iotk/include/ -I/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.0.166/linux/mkl/include  -c iotk_base.f90
ifort: コマンドライン警告 #10155: オプション '-x' を無視します。引数が必要です。
ifort: エラー #10236: ファイルが見つかりません: 'f95-cpp-input'
(略)

configureファイルがうまく生成されていないようです。 Intel Fortranが使えないようですので、こうなった場合は

$ sudo apt install gfortran
$ ./configure MPIF90=mpif90 F90=gfortran F77=ifort CC=gcc

とすればうまく行きました。

このエラーはコンピュータによって出たり出なかったりするので謎です

quantumespresso/インストール方法.txt · Last modified: 2021/06/27 22:04 (external edit)