• 研究室に入ってきた四年生が一人でクラスタ計算機を作れることを目指して、このページを作成しました
• OSは Ubuntu 18.04, 20.04 のServer版を使用して、初心者でもスムーズに進められるようにaptを多用しています。

• クラスタ計算機の構成
• 購入したサーバーパーツ
• サーバーの組み立て

事前に管理ノードおよび計算ノードにUbuntuをインストールしてください。

管理ノードと計算ノードからなるプライベートネットワークを構築します。 作業は管理ノード、あるいは計算ノードを直接操作して行います。

1. 固定IPアドレスの設定
   • 管理ノードのIPアドレスを設定します
2. DHCPの基本設定
   • 各計算ノードにIPアドレスを割り振り、プライベートネットワークを構成します
3. IPマスカレードの基本設定
   • 各計算ノードからプライベートネットワークをぬけてインターネットに接続できるようにします
4. SSHの基本設定
   • 外部から管理ノードや計算ノードを操作できるようにします
5. hostsの編集
   • IPアドレスとホスト名の紐付けを行います

管理ノードと計算ノードを一元管理し、あたかも1つのコンピュータとして扱えるようにします。 SSHで外部からアクセスできるようにした場合、作業は遠隔で行うことができます。

1. NFSの基本設定
   • ファイルサーバにあるファイルを各ノードで共有します
2. NISの基本設定
   • 各計算ノードのユーザー情報に管理ノードのものを使います

PXEブートを使えば、管理ノードに計算ノード用のOSを入れ、計算ノードはそれを読み込んで起動できるようになります。 計算ノードにHDDやSSDといった記憶用ディスクを設置する必要がなくなり、計算ノードの故障率の低下や、計算ノードの個別管理が不要といったメリットがあります。

事前に管理ノードにのみOSをインストールしてください

1. PXEブート（工事中）

1. 開発環境
   • aptで導入可能な、各ノードにインストールしておくと便利なパッケージです。自分の目的に合わせて適当に導入してください
2. MPIによる並列計算
   • 実際にクラスタ計算機でノード内およびノード間での並列計算を行います
   • ジョブ管理ソフトを使って計算ノードにジョブを投入する予定の場合は、このページを読む必要はありません

複数人でクラスタ計算機を利用するときに、各ユーザーのプログラムが計算ノードで実行される順番を管理します。一人で複数のプログラムを実行する際にも便利です。代表的なものにPBSとSLURMがあります。

1. PBS Proの基本設定
   • ジョブ管理ソフトPBS Proの導入と基本設定を行います

• ユーザー向け利用ガイド
  • 新しくクラスタ計算機を使うユーザーにまず読んでもらうもの
• 運用状況
  • うちのグループのクラスタ計算機の運用状況です

• mDNSの基本設定
  • 各ノードのホスト名とプライベートIPアドレスを紐付けます

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